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由交链格孢菌(Alternaria alternata)引起的柑桔褐斑病是一种可同时危害柑桔嫩叶、嫩梢及幼果的病害。近几年在我国各大柑桔产区均有发生,且发病面积不断扩大,导致柑桔的产量和品质下降,造成严重的经济损失。目前,国内不同柑桔品种对褐斑病的抗性未见相关报道,与之相关的抗褐斑病基因认知不足,且缺乏快速稳定的致病力评价体系,进而影响病害的防治研究和实践。建立稳定的致病力评价体系,筛选出抗柑桔褐斑病品种,为生产防治和挑选经济适用品种提供参考；定位相关的抗性基因,从育种上根本解决这一问题成为当务之急。本研究采用室内接菌饼的方法建立一个快速稳定、操作简便的菌株致病力评价体系。并应用该体系对重庆4大主栽品种中的54个不同柑桔品种进行抗病性分析,采用不同评价方法进行抗性等级划分,明确不同柑桔品种对褐斑病的抗性。另外,以实验室已建立的柑桔分子标记遗传图谱为基础,利用“梨橙2号×晚蜜2号”及所得到的68株F1代为材料,以严重度(病斑直径大小)和发病率为指标,通过QTL定位到相应的标记位点。采用qPCR对部分标记基因进行分析。主要研究结果如下：(1)从万州红桔上采集柑桔褐斑病受害样本,在室内进行分离纯化和鉴定。研究发现菌落、菌丝、分生孢子形态特征与链格孢菌相似；接种致病产生黄色晕圈；以ITS1和ITS4为引物,扩增得到532bp的ITS区DNA片段。将测序结果登录GenBank进行BLAST比较,与A. alternata的相似性达到99%,以PG2和PG3(endoPG)区系列引物扩增序列构建进化树发现分离株与A. alternata聚为一枝。(2)首次在“温州蜜柑”离体叶片和果实上造成不同伤口处理,接种强致病菌株A. alternata HJX,25℃保湿培养后发现叶片不接菌对照有、无伤口均不发病；其余各种伤口处理均发病,不同伤口类型对病害影响很大。叶片反面较正面更易于发病,反面10针、1针及无伤接种发病无明显差异；果实表面1针、10针及去除果皮对发病影响达到极显著水平。用6个不同柑桔品种及Alternaria citri ZYF,Alternaria sp. MP32个菌株验证方法的稳定性及可靠性,发现菌株HJX在不同品种上致病力存在差异,2个菌株之间的致病力也存在差异。建议以离体柑桔叶片或果实为材料,叶片反面1针接种或果实去皮接种,25℃保湿培养2d后调查病斑大小,作为室内准确、快速评价柑桔褐斑病致病力的方法。(3)评价54个柑桔品种对褐斑病菌的感病程度及抗性分级标准。采用室内人工接种观察不同品种的感病程度并根据系统聚类法、平均直径法、病情指数法3种不同抗性评价方法来探讨54个柑桔品种对柑桔褐斑病菌的抗性。结果表明：参试的种质资源共分为高抗、抗病、中抗、感病、高感五类,未发现免疫种质；胡柚、强德勒、华盛顿脐橙和梁平柚4个品种为高抗品种；大多数宽皮柑类品种易感病。本研究本研究为指导田间栽培和抗柑桔褐斑病菌育种提供理论依据。(4)利用“梨橙2号×晚蜜2号”及衍生的68个LW重组自交系为材料,采用室内离体叶片接菌饼的方法,对其进行抗病性分析。并在已构建的含有334个SSR标记,9个连锁群,总长844.2cM,平均图距2.53cM的分子遗传图谱基础上,运用Map QTL5.0分析软件,采用区间作图(Interval Mapping)进行QTL初步检测,再利用多重区间作图法(MQM)进行优化,共检测到18个与柑桔识别抗性相关的标记,分布在LW2和LW3上,其中在LW2上检测到11个QTL位点,名为qlt2.1、 qlt2.2、qlt2.3、qlt2.4、qlt2.5、qlt2.6、qlt2.7、qlt2.8、qlt2.9、qlt2.10、qlt2.11,贝献率分别为23.9%、23.2%、21.2%、20.4%、20.4%、20.2%、17.8%、17.8%、17.4%、17.3%、15.8%；LW3上检测到7个QTL位点,名为qlt3.1、qlt3.2、qlt3.2、qlt3.4、 qlt3.5、qlt3.6、qlt3.7贡献率分别为25%、18.4%、18.2%、17.9%、16.7%、16.6%、16.4%。共检测到8个与柑桔防御抗性相关的QTL位点,其中在LW1上检测到2个位点,名为qlty1.1、qltyl.2,贡献率分别为18.2%和15.8%；LW2上为qlty2.1和qlty2.2,贡献率都为17%,qlty2.3贡献率为16.3%；LW3上是qlty3.1、qlty3.2贡献率分别为18.2%和17.4%；LW6上为qlty6.1贡献率为17.5%。合理利用与这些位点紧密连锁的固定标记cBSSR835E2、CMS30、Hcx4040、cSSR340、F13、 cSSR202、F23、cSSR309、cBDM83E1、cBMM74、cSSR128、cSSR27、cSSR32、 HCX6020、CMS14、Hcx6026、F88、LcSSR115对应的EST编码序列可促进抗柑桔褐斑病的分子标记辅助育种的发展。(5)选用中抗品种不知火叶片接种HJX对QTL标记LcSSR115、HCX6020、 cSSR309、cSSR202、F88、cSSR340、cSSR32、Hcx4040所对应的EST编码序列进行qPCR分析,除HCX602和cSSR32表达量下调外,其余表达量均上调。此研究为进一步抗性基因的克隆和转化验证提供了理论依据。