进入21世纪后,环境污染案件频发,社会危害性凸现。为加强对环境污染的惩治力度,贯彻可持续发展战略,《刑法修正案（八）》将重大环境污染事故罪修改为污染环境罪。污染环境罪自诞生伊始就存在诸多理论矛盾与实务争议,对“严重污染环境”及相关司法解释的不同解读使其拥有了含糊不清的法益保护范围、不明确的罪过形式、模糊的行为类型,加上环境污染案件自身复杂多变,因果关系难以认定,司法实务中污染环境罪的适用时时处于困境之中。解决污染环境罪的适用困境,有必要对其适用的争议问题进行梳理分析。本文结合污染环境罪现行刑法条文与相关司法解释为司法实务中污染环境罪的判定提供一个可操作的标准,为正确理解和适用污染环境罪作一些有益的探索。污染环境罪的法益保护争议是其余各个争议问题的根源,人类中心主义以保护人类自身的利益为出发点,污染环境罪规制范围最窄,利于经济短期发展但不利于生态环境的长期保护。生态中心主义以保护环境自身为出发点,污染环境罪规制的范围最宽,利于环境法益的保护但却阻碍经济的发展。环境犯罪法益观择选的实质是对经济发展与生态环境保护进行衡量。应当采取生态学的人类中心主义法益理念为指导,将污染环境罪保护的具体法益解读为不与人类整体利益相抵触的生态环境自身和人类法益的集合。污染环境罪的主观罪过争议是法益保护争议的延续,在生态学的人类中心主义法益观的指导下,污染环境罪的主观罪过是指行为人对环境遭受严重损害所持的心理状态,而非对人类法益遭受严重损害所持的心理状态。过失说无法解决行为人为追求经济利益放任环境损害后果发生的环境污染案件。复合罪过说有违罪刑法定的同时与刑法总则一系列制度不相协调。污染环境罪应采取故意说。故意的认定要以行为人对生态法益损害的心态为衡量标准,通过认识因素与意志因素两方面进行。污染环境罪的行为类型争议是法益保护争议的又一延续,解决污染环境罪的行为类型争议关键在于正确理解“严重污染环境”。生态学的人类中心主义法益理念指导下“严重污染环境”应当是指环境遭受到严重污染,污染环境罪属于实害结果犯的本质没有改变。对“严重污染环境”的理解不能狭隘的以人类可感知的环境质量损害为标准,凡是使得环境污染因子与客观环境相融合的行为均应被视为对环境的实际侵害。关于污染环境罪的因果关系判断。传统的因果关系认定理论不足以应对日益复杂的环境污染案件,在其基础上附条件引入域外因果关系理论不失为解决环境犯罪因果关系认定的良好策略。具体操作上,可以采取事实与法律因果关系二层认定的步骤。先用疫学因果关系理论检验其是否成立事实因果关系,完成事实归因,然后采用客观归责理论完成法律因果关系的修正,实现客观归责。污染环境罪的法益保护争议与行为类型争议决定污染环境罪“处置”行为的认定争议。污染环境罪属于实害结果犯,其犯罪的本质在于对生态环境法益的侵犯。“处置”行为也应当满足对生态环境法益的严重侵害。在“排放”、“倾倒”、“处置”三种行为形式中,“处置”起着类似于兜底条款的作用。“处置”行为应当参照“排放”、“倾倒”结合其对生态环境法益的侵害综合认定。行为性质上,"处置"行为应当对环境法益具有现实损害的可能性,危害程度上,“处置”行为与“排放”、“倾倒”具有相当性。污染物的无害化、减量化处理行为均不满足犯罪行为的社会危害性,不应认定为污染环境罪的“处置”行为。