大学生作为具有独立个性和主体意识的公民，不仅同其它公民一样享有宪法规定的基本权利，同时作为受教育者，特殊身份让他们的权益的范围指向及其主客体，都具有特殊性。在传统的教育观念下，师生的地位是不平等的，人们以师为尊，以师为准，因而造成了在学校的教育管理活动中，学校往往处于强势地位，学生却处于弱势地位，学生权益有意无意间受到忽视甚至侵害。独立学院作为我国高等教育办学机制与模式创新的产物，在维护学校管理秩序与学生权益保障的冲突问题上相较公办院校更为严峻：一方面独立学院办学时间尚短，许多方面依附于公办院校的资源，产生了管理理念陈旧、管理模式僵化、管理机制不畅、管理队伍素质不高等问题；另一方面，高昂的学费使独立院校的学生的“消费者”意识、权益要求更为强烈，他们希望学校能为其提供与高额学费相适应的教学资源和服务水平。由此产生学生权益要求与校方自主管理的矛盾，这种矛盾在某些独立学院表现的还比较严重。本文通过对福州5所独立学院的700名学生进行问卷调查，收回有效问卷628份，通过实证分析，结合博弈理论，透过学生管理过程侵犯学生权益的诸多现象，对其产生的原因进行详细剖析，认为法律层面的缺失和不平衡、独立学院现行的内部管理规则以及学生维权知识的匮乏，是造成独立学院学生权益得不到有效保障的主要原因。文章提出解决两者矛盾的关键在于：从政府层面完善学生管理领域的法律法规体系，加强师生的法治观念；从独立学院层面树立“以生为本”的管理理念，规范管理制度建设，积极探求民主管理机制；从学生自身加强法律知识的学习、加强实践能力的培养，提升以法维权的能力，参与学校管理决策和管理行为的能力。笔者期望寻求在以促进学生发展为共同期望的目标下，达到学校与学生双方的利益均衡，实现独立学院管理效益与学生权益保障双赢的局面。