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我国玉米种植面积与总产量均已超过水稻,成为第一大作物。提高玉米产量和品质,对保障中国乃至世界粮食供给具有重要意义。本研究使用一个包含368个玉米自交系的自然群体为材料,对玉米类胡萝卜素相关产物进行了关联分析。主要研究结果如下：1.分别在RNA水平和DNA水平上对关联群体RNA测序结果的准确性进行了验证。以基因组DNA为模板,对6个全基因组关联分析中发现的调控热点基因进行了扩增和序列分析,证明这些基因区的SNP位点在不同自交系间与RNA-seq得到的结果一致性均为90%以上。另外,还用授粉后15天的籽粒为样品,定量PCR的方法检测了2个转录因子bHLH和ARID及其调控的玉米醇溶蛋白基因在161个玉米自交系中的表达量,其结果与RNA-seq结果的相关性达到极显著水平。上述结果证明RNA测序结果较为准确,所得到的SNP标记与基因的表达量数据质量较高,可用于下一步的研究工作。2.对多年多点的玉米类胡萝卜素合成途径中的关键产物含量进行了全基因组关联分析,有9种重要产物可检测到对其有显著影响的位点。对玉米类胡萝卜素合成途径中的关键产物含量和编码关键酶的基因的表达量进行相关性分析,检测到有8个基因与部分重要产物显著相关。同时,还对玉米类胡萝卜素合成途径中的28个关键酶基因进行了eQTL分析,其中10个基因具有顺式作用调控位点,3个基因具有远程调控位点。此外,本研究使用包含368个玉米自交系的自然群体为材料,对玉米雄穗分枝数进行了关联分析。利用B73和一个雄穗无分枝的自交系pool-7构建F2：,群体和高代回交群体,对玉米雄穗分枝数进行了QTL定位。主要研究结果如下：1.对关联分析群体的雄穗分枝数进行了多年多点的调查统计,将所有数据BLUP后,进行了全基因组关联分析。共检测到25个控制雄穗分枝数的位点,其中有17个位点位于之前定位的QTL区间内。2.分别用F2：3群体和BC3F2群体对雄穗分枝数进行了QTL定位,共检测到7个QTL位点,分别位于第1、3、4、5、7和8号染色体上,其中7号染色体上检测到2个QTL位点。其中1号染色体上的259223788-260138854区间与7号染色体上的bnlg2259-umc2197区间在关联分析和QTL定位时都能检测到,且效应值较高。这个结果显示在1号染色体和7号染色体的两个区间极有可能存在对玉米雄穗分枝数显著作用的基因,为玉米雄穗分枝数基因的精细定位和克隆奠定了扎实的基础。