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珊瑚礁是人类最重要的资源之一,而全球珊瑚礁自20世纪90年代至今却一直处于衰退状态。本文旨在通过对海南三亚的指形鹿角珊瑚（Acropora digitifera）、小叶鹿角珊瑚（Acropora microphthalma）、中间鹿角珊瑚（Acropora intermedia）、指状蔷薇珊瑚1（Montipora digitata）、指状蔷薇珊瑚2（Montipora digitata）,风信子鹿角珊瑚（Acropora hyacinthus）、Montipora vietnamensis和单星蔷薇珊瑚（Montipora monasteriata）共七种鹿角珊瑚科（Acroporidae）珊瑚线粒体基因组结构与系统发育研究,为珊瑚分类及珊瑚礁生态系统保护提供数据和理论基础。主要研究结果如下:本研究中7种珊瑚的线粒体基因组全序列长度在17690 bp18360 bp之间,均包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因以及2个tRNA基因;碱基组成为T>A>G>C,均表现出较高的AT含量。本研究中7种珊瑚均包含13个蛋白质编码基因,即ND1、ND2、ND3、ND4、ND4L、ND5、ND6、COI、COII、COIII、Cytb、ATP6和ATP8,都在H链进行编码,其排列顺序和组成均一致,均含有2个tRNA基因,即tRNAMet和tRNATrp,其中tRNAMet长度均为71 bp,tRNATrp长度均为70 bp,且形成稳定的茎环结构。12S rRNA和16S rRNA相对保守且位置固定,都位于H链。本文中7种珊瑚的线粒体蛋白质编码基因密码子的第一位点、第二位点及第三位点的转换和颠换均不存在明显饱和现象。利用13个蛋白质编码基因密码子三个位点进行系统发育分析,构建鹿角珊瑚科NJ系统发育树以及贝叶斯系统发育树,两种方法构建出的系统树树型大体相同。其中风信子鹿角珊瑚（Acropora hyacinthus）、小叶鹿角珊瑚（Acropora microphthalma）数据结果与GenBank已有研究数据一致;指形鹿角珊瑚（Acropora digitifera）中间鹿角珊瑚（Acropora intermedia）与GenBank中已有研究数据具有一定差异,同种间遗传距离为0.00076;指状蔷薇珊瑚（Montipora digitata）、Montipora vietnamensis、单星蔷薇珊瑚（Montipora monasteriata）与GenBank中的Montipora peltiformis（KY094487）遗传距离最近,分别为0.00034、0.00279和0.00102。研究结果表明,线粒体基因组全序列在鹿角珊瑚科内不同属之间具有较好的解析能力,能够清晰的区分不同属之间的珊瑚分类地位和系统发育关系,而在同属不同种类之间,珊瑚的线粒体基因组结构十分相近,线粒体基因组全序列难以清晰分辨不同种类之间的差异,不仅需要以经典形态学分类为基础,还要结合部分核基因片段进一步证明。