在社会经济快速转型阶段，土地违法已然成为土地利用和管理中不可忽视的一个问题。土地违法行为多年来没有得到明显的遏制，在地方政府成为其主体之后，形势则更为严峻。在土地违法尤其是地方政府成为土地违法主体之后，我国于2006年开始实施国家土地督察制度，希望能遏制这种愈发严峻的势头。运用平衡计分卡理论分析土地督察制度对土地违法行为的治理情况，能够从整体上了解土地督察制度的运行情况，对于充分发挥土地督察对土地违法的治理作用具有一定的理论和现实意义。本文在探讨土地督察制度相关概念及其土地违法治理机制的基础上，分析了平衡计分卡运用于分析土地督察制度治理情况的可行性，得出它们在理论、价值、技术和制度上是契合的。然后根据平衡计分卡理论的预期目标实现程度、组织运行与制度建设、土地督察实施效果和社会评价四个维度分析了土地督察制度的整体运行情况。总体上而言，我国土地督察制度基本实现了组织目标，不仅遏制了土地违法高发势头，有效的保护了耕地，一定程度上规范了地方政府管理土地行为，而且组织内部制度和工作机制也在不断完善，土地督察制度的社会认可度和信任度也在不断提升，但同时土地督察因为其自身法律地位、制度缺陷以及固有的地方管理体制根源的原因，其在运行中仍面临一些地方政府的阻力，土地督察效力也没能最大发挥。所以土地督察制度的长远发展，不仅需要强化法制建设和社会参与，完善纠错机制和业务规范，而且需要推进相关配套制度的改革和人才队伍的建设，只有这样才能不断的凝聚督察合力、挖掘督察潜力、提升督察动力和激发督察的活力。