天然有机分子与生物分子之间的相互作用不仅直接影响着天然有机化合物在体内的吸收、转运和分布，而且与其生物学功能及作用机制密切相关。因此研究天然有机分子与生物分子之间相互作用对了解天然有机分子的作用机理有重大意义，并且对药物研发提供理论指导。　　本论文以天然有机小分子-皂苷和黄酮为研究对象，利用电喷雾质谱和基质辅助激光解析质谱，系统研究了其与溶菌酶和谷胱甘肽之间的相互作用，并探讨了天然有机分子的结构和它们与生物分子结合亲和性之间的关系。　　采用线性离子阱电喷雾质谱研究人参皂苷与溶菌酶之间的相互作用。发现溶菌酶和多种二醇型和三醇型皂苷均可以形成1∶1和1∶2的溶菌酶-皂苷复合物，并测定了复合物的结合常数。研究结果表明，皂苷与溶菌酶的结合亲和性与皂苷的苷元类型和苷元上寡糖链的数量及组成相关。研究结果有对于深入理解人参皂苷的生物活性有重要的意义。　　利用液相色谱和多级质谱联用的方法详细地研究了黄芩苷和谷胱甘肽的相互作用。成功地鉴定了黄芩苷在谷胱甘肽上的结合位点以及黄芩苷和谷胱甘肽的反应产物。实验结果表明，黄芩苷的氧化产物可以与谷胱甘肽反应生成8-GSH结合物，黄芩苷与谷胱甘肽的反应随pH和温度的升高而升高。并首次观察到了谷胱甘肽与黄芩苷的反应物降解成为半醌和醌式。研究结果对于进一步研究黄芩苷的体内代谢有很大帮助。　　建立了结合数学模型测定蛋白与配体的亲和常数的质谱研究方法，并首次成功地采用质谱方法测定了芦丁、柚皮苷和黄芩素与溶菌酶相互作用的亲和常数。该方法克服了传统质谱方法无法检测气相易解离的蛋白质与配体体系的局限性，拓展了质谱法在天然有机小分子与蛋白质相互作用中的应用。　　利用强度衰减-基质辅助激光解吸-飞行时间质谱方法研究了溶菌酶和黄酮的相互作用。发现溶菌酶与所研究的五种黄酮均存在相互作用，利用竞争实验的方法确定了五种黄酮与溶菌酶相互作用的强弱。并且对五种黄酮的结构和它们与溶菌酶的亲和性之间的关系进行了研究。　　本论文扩展了软电离质谱在天然有机分子与生物分子相互作用研究中的应用，研究结果不仅为其它生物分子和天然有机分子相互作用研究提供方法学参考，而且为深入了解天然有机分子的作用机理和新药设计提供理论指导。