疫霉(Phytophthora)是一类寄主范围广、发病重且较难控制、对植物产量造成巨大损失的病原真菌。本研究以该属烟草疫霉、辣椒疫霉、致病疫霉和苎麻疫霉等4个重要种作为实验材料，通过运用近年来新发展的检测技术——基因芯片检测法，针对这4种菌建立一种更为快速、准确、灵敏的高通量检测方法。通过对疫霉菌在核糖体区和线粒体CoxⅠ、CoxⅡ区上的序列进行分析，本研究共设计了用于基因芯片检测的25条引物，筛选出其中效果最好的3对扩增这四种疫霉；共设计了用于基因芯片检测的30条探针，筛选出种的特异性探针共6条，其中烟草疫霉1条、辣椒疫霉1条、致病疫霉1条、苎麻疫霉2条，供试菌的通用探针共5条；成功地建立了4种疫霉的基因芯片检测方法，能区分两个物种间仅有单个或多个碱基位点的差别，其灵敏度为4×10-5ng/μl，明显高于凝胶电泳检测。该检测方法与传统鉴定方法相比，明显地提高了检测的速度和自动化程度，从25d～30d降低至1～2d；与常规PCR相比，它降低了PCR步骤中的假阳性与假阴性现象，大大提高了检测的准确性和可靠性；与实时荧光检测相比，它的优势在于能够对多种不同病原菌的多个片段进行平行检测，克服了目前实时荧光检测仪最多只能做到三色或四色荧光的局限。该方法也是国内外首次利用一张芯片，同时对四种植物病原真菌进行检测的研究报道，其应用前景十分广阔。