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经历正向选择作用的基因或基因组区域一定会具有重要的功能,以提高个体适合度并在人类进化过程中发挥着重要的作用。国际人类基因组单体型图计划第一阶段发现的一百万个SNP中有32个错义变异(改变氨基酸序列)位点,位于27个基因,它们的频率存在着极大的群体差异,提示它们可能在某个人群中发生过正向选择作用。本研究进一步确认这些位点的群体差异并分析其中3个位点所在基因是否在人类进化过程中发生过正向选择作用。
㈠应用多重PCR扩增和微测序法,对这32个SNP位点在HGDP-CEPH样品(52个人群,1048份样品)以及HapMap样品进行基因分型。分别计算每个位点在CEPH样品52个人群间以及在亚洲、欧洲和非洲两两人群间的群体差异指数,验证它们的分布是否真正存在较强的群体差异,并寻找群体差异来源。结果显示,32个SNP中rs3813227、rs364637、rs5825在所有样品中都只存在一种等位基因；rs4253047、rs11499位点衍生型等位基因频率极低。这些位点分布不存在较大的人群差异,不能做为在某一人群中发生过正向选择作用的线索。其他位点的分布则存在较大的人群差异,提示它们有可能在某个人群中发生过正向选择作用。
㈡从中选择rs1229984、rs3827760、rs749670三个可能在亚洲人群中经历过正向选择作用的位点,对这3个位点所在的基因.ADH1B、EDAR、ZNF646在亚洲、欧洲和非洲人群中进行序列分析,进一步寻找它们经历过正向选择的证据。ADH1B,EDAR的测序结果来自于SeattleSNPs网站,ZNF646的测序结果来自于我们对HapMap 67个样品的直接测序。结果显示,ADH1B、EDAR、ZNF646基因在亚洲人群中,分别存在群体内遗传多样性降低、高频率的衍生型等位基因、等位基因频率谱偏离中性进化模型、某一单体型占有绝对优势、长单体型等正向选择作用信号的几种,这提示我们ADH1B、EDAR、ZNF646可能在亚洲人群中经历过正向选择,选择靶点分别为rs1229984、rs3827760、rs749670。