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中国马和驴饲养历史悠久,种质资源丰富,在世界上有着重要的影响。目前有关中国马和驴品种遗传多样性的研究多数集中在线粒体DNA和常染色体DNA方面,对其Y染色体遗传多样性和起源进化的研究还比较缺乏。本研究以13个中国家马品种和12个中国家驴品种为研究对象,并以28匹夸特马样本为对照,根据已发表的资料,共引用与设计了38对马和驴Y染色体SNP特异性引物,利用混合DNA池分别扩增马和驴Y染色体特异性片段并进行测序分析,拟筛选其Y-SNPs;通过PCR产物直接测序和TA克隆测序两种方法对13个中国家马和12家驴品种Y染色体多拷贝基因进行鉴定,获得了如下主要结果：1、马和驴Y-SNPs筛选(1)中国家马父系起源单一。本研究利用PCR-SSCP和测序技术分析了13个中国家马品种和28匹外国马样本,在所研究的38对Y染色体特异性片段中没有发现Y染色体SNP的存在,初步认为中国家马Y染色体遗传多态性低,父系起源单一；在28匹外国马样本DNA中,也没有发现Y-SNP变异,因此不能区分中国家马和外国马的起源；(2)中国家驴Y染色体上38对特异性标记中均没有发现Y-SNPs,表明中国家驴Y染色体DNA变异有限,遗传多态性极低,只有一个父系起源；2、马和驴Y染色体多拷贝基因的鉴定(1)本研究利用DNA直接测序和TA克隆测序技术,分析了中国家马38个Y染色体特异性标记,共鉴定出9个多拷贝片段：7个Y染色体特异的序列(CLY059, CLY070,CLY090,CLY092,CLY093,SH3-B-6,SH2-A-1)和Y染色体相关的ATP依赖的RNA解旋酶基因(DBY)及睾丸特异性蛋白编码基因(TSPY)。其中6个Y染色体多拷贝基因片段(CLY059,CLY070,CLY090,CLY092,CLY093,DBY)为本研究首次确定；(2)本研究首次对中国家驴Y染色体多拷贝基因片段进行鉴定。在所研究的38个Y染色体特异性片段中,发现了9个多拷贝基因片段(CLY059,CLY070,CLY090, CLY092,CLY093,SH3-B-6,SH2-A-1,DBY,TSPY),并且这9个多拷贝基因片段在家马Y染色体中同样为多个拷贝,证明家马和家驴的亲缘关系很近,这一结论与马、驴起源分化的事实相一致,因此认为多拷贝基因在一定程度上可判断物种之间的亲缘关系。