随着我国农业产业化的快速发展，农业上市公司作为农业产业中的龙头，肩负着促进农业发展、提高农民收入和推动农村经济繁荣发展的重任，因此，准确衡量农业上市公司价值就显得尤为重要。现行的以会计利润为核心的传统绩效评价指标由于没有考虑权益资本的成本、对往年的结果依赖性强、与公司战略相关性较差，使其不能准确地衡量一定时期内公司为股东创造的价值。以股东价值为核心的经济增加值（EVA），在传统会计利润的基础上进行了多项会计科目的调整，克服了传统绩效评价指标的缺陷。本文通过对农业上市公司绩效评价方法的介绍，以及对EVA指标体系与传统绩效评价指标体系的对比，在理论分析以价值为基础的EVA绩效评价方法的有效性和科学性基础上，以沪深两市A股2009—2012年的农、林、牧、渔类公司数据为基础，通过设计并改进EVA计量模型，利用主成分分析法确定传统财务绩效指标自变量，回归分析传统财务绩效指标以及EVA类指标与公司价值的相关关系，得出EVA类指标在说明公司价值时的解释能力优于传统财务绩效指标。在理论和实证分析结论的基础上，提出以EVA为基础的、适合我国农业上市公司发展需要的农业上市公司绩效评价体系，通过层析分析法和功效系数法建立基于EVA的绩效评分体系。并以中国登海种业股份有限公司为例，运用基于EVA的农业上市公司绩效评价体系的计算思路和方法,对登海种业2012年的企业绩效进行了计算评价，充分证明了基于EVA绩效指标评价体系的可行性。