近年来我国轨道交通迅猛发展的背后曝露出许多质量问题。在城市轨道交通项目建设的众多利益攸关方中,项目施工单位是保证项目建设质量的关键参与者。项目施工单位的质量控制水平直接影响最终输出项目的质量水平。加强轨道交通工程项目施工单位的质量管理,构建科学合理的质量控制体系,对于提高轨道交通工程建设质量水平具有至关重要的意义。基于全面质量管理理论和系统分析方法分析了轨道交通工程的质量影响因素,轨道交通项目施工单位质量控制系统的系统结构和系统特性。以珠三角城际轨道交通项目佛肇段工程为例,研究了轨道交通项目施工单位质量控制体系的构建与应用,主要内容包括：分析了质量控制目标、原则；构建了质量控制的体系框架,阐述了该框架的运行机制；基于鱼骨图分析法说明了如何进行关键质量影响因素的识别及其控制；基于质量成本分析法和层次分析法进行了质量控制方案的评价研究；基于PDCA循环方法说明了如何进行质量的持续改进。最后,项目应用的结果表明,文章提出的质量控制体系能够较好地解决工程施工中所遇到的质量问题,应用效果好,具有一定的理论意义和工程示范价值。