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斑海豹(Phoca largha)又称西太平洋斑海豹,属食肉目(Carnivora)、犬形亚目(Caniformia)、海豹科(Phocidae)、斑海豹属(Phoca),是唯一能在我国海域繁殖的鳍脚动物。斑海豹已被列为国际濒危动物名录,在中国《国家重点保护野生动物名录》中被列为二级保护动物。渤海辽东湾是斑海豹全球8个繁殖区中最南端的一个。为进一步了解和掌握辽东湾斑海豹种群的遗传结构特征,为斑海豹种群的保护、管理提供参考数据,本研究利用AFLP、微卫星DNA分子标记技术和线粒体DNA控制区部分序列比对分析方法,对辽东湾斑海豹群体的遗传结构进行了深入研究,研究得到的主要结果为:1. AFLP标记技术对辽东湾斑海豹遗传多样性分析结果。7对AFLP引物对斑海豹3个群体43个个体进行分析,共得到241个位点,3个群体内的多态位点比例为80.45 %～95.85 %,总多态位点比例为99.59 %。群体的香农(Shannon)多样性指数为0.3817～0.4716,群体间的遗传距离在0.1742～0.4023之间。2007年群体的多态位点比例、Shannon多样性指数均高于2006年群体,2005年群体处于中等水平。用NTSYS软件进行个体聚类及UPGMA群体聚类,发现3个群体的个体基本随机聚到一起,界限不十分明显。结果表明,3个年度采集的样品差异不明显,辽东湾斑海豹群体的遗传多样性处于中等水平。2.微卫星标记分析结果。7对引物对连续三年的斑海豹群体进行遗传多样性分析,结果显示,每个位点的等位基因数为2～4个,平均有效等位基因数(Ne)和期望杂合度(He)分别为3.19和0.69(2005年)、3.37和0.73(2006年)、3.46和0.70(2007年),不同年度采集的样品之间差异不明显。与其它经历过严重瓶颈效应的濒危哺乳动物种群的遗传杂合度(0.15～0.62)相比,辽东湾斑海豹遗传多样性处于相对较高水平。但是从平均等位基因数量上分析,辽东湾斑海豹种群的遗传变异水平较低,产生这一结果的主要原因可能是辽东湾斑海豹种群曾经发生过遗传瓶颈效应。3.根据阿拉斯加斑海豹mtDNA全序列(AM181031)设计一对特异性引物,采用PCR技术和DNA克隆测序技术,测定了7头斑海豹mtDNA控制区CSB-3上游1000 bp左右的序列,共得到159条序列,长度为713～903 bp。经过比对分析确定为146个序列单元型(GenBank No. FJ008723~FJ008868),单元型(异质型)数目占所测序列总数的91.82 %。引起序列异质型的主要原因是序列中存在的GTACACAC、GTACAC、GTAC及GCACAC、GCAC五种重复单元,且重复单元的重复次数不等。异质型分析显示,辽东湾斑海豹不同个体之间、同一个体不同组织之间以及同一个体同一组织内均存在长度异质型。4.本研究阐明了辽东湾斑海豹种群遗传多样性和遗传变异特点,为我国辽东湾斑海豹种群的保护、管理提供了基础资料,具有一定的应用价值。