尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）属慈鲷科热带鱼类,原产非洲,是优质水产养殖品种。引进我国后罗非鱼主要在两广和海南等温度较高的地区养殖。它是世界上养殖规模最大的品种,主要研究集中在养殖、性控和病害方面,尚缺少系统的组织学研究。本论文采样三种不同的染色方法（HE、PAS和Masson染色）展示16种组织的微细结构,再结合转录组测序方法将部分组织与基因表达联系起来,最后以rassf4基因为例,探索基因选择性表达的分子机制。相关数据为罗非鱼基础研究提供重要数据。本论文首先选取罗非鱼心脏、肝、脾、鳃、假鳃、肠道、食道、胃、精巢、卵巢、眼睛、脑、肾、腹膜、肌肉等器官进行组织形态分析。罗非鱼消化道是从口开始的,经过食道、胃、肠到排泄口结束。食道的结构从外到内是外膜,肌肉层,黏膜下层和黏膜层。胃和肠道的结构也与食道相似。经过PAS染色的胃黏膜层的上皮细胞顶部染色深,为紫红色,表明胃黏膜层含有丰富的黏液细胞。在Masson染色中胃黏膜下层呈绿色,因为胃黏膜下层胶原纤维较发达,属于疏松结缔组织。前肠、中肠和后肠的组织分层并未有很大差异。但前肠绒毛较为稀疏;中肠绒毛更长,增大了与食物的接触面积;后肠绒毛变极短。肠的固有膜较薄,黏膜下层中含有丰富的血细胞。通过对消化道的PAS染色可发现酸性黏液在罗非鱼的食道、肠道和胃中分泌。黏液不但保护黏膜上皮免受与消化道内容物或酶相互作用而引起的机械或化学损伤,也在介导生物反应中发挥作用,它含有免疫球蛋白,用于对抗摄入物质中的细菌。鳃是鱼类的主要呼吸器官,鳃丝软骨对鳃起到支撑作用。黏液细胞是鳃上皮的一个显著特征。富含黏液的鳃表面有利于发挥离子调节、机械保护、免疫保护功能。在罗非鱼中有被结缔组织被覆,充满血液并呈腺样结构的假鳃。假鳃在结构上与鳃相似,但是假鳃鳃丝间连成一片,软骨位于两个鳃丝之间。罗非鱼的肾除了排泄,还有造血、免疫、内分泌等多种功能。经HE染色,近曲小管壁呈深红色,远曲小管壁呈浅红色,染色结果有差异也证明了它们的上皮细胞结构和功能不同。罗非鱼的脾内有红髓和白,但是边界不明显,分别包含大量红细胞和淋巴细胞。我们实验选取的是尚未进入产卵期的卵巢,可以看到不同发育时期的卵母细胞。在精巢的精小叶中可清楚看到不同发育时期的精原细胞、精母细胞和精子。在转录组数据的基础上,本论文对罗非鱼15个组织表达的基因进行共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）,基于基因间表达趋势的相似性来构建基因共表达网络。通过该网络,不仅可以寻找高度相关的基因模块,更可以直观地了解基因之间可能存在的表达调控关系。通过共表达聚类热图,选择了10个共表达模块,分别用不同的颜色表示。这些模块中的基因数量从101到1365不等。在各颜色模块中找到高表达或特异表达基因进行分析。比如在blue模块中RAS结合域基因（RAS-association domain famil y,rassf4）在卵巢中特异性表达,可能参与信号转导调节和生长调节。Rassf4转录本全长1400 bp,由921 bp的开放阅读框组成,编码306个氨基酸。通过PC R和免疫组化实验验证该基因在卵巢中特异表达。免疫组化结果显示rassf4于滤泡细胞中表达。Rassf4启动子区（-734/-1012）在卵巢和精巢中的甲基化率分别为13.28%和92.85%;删除-734至-1012位点的片段会使rassf4启动子的活性降低到62.33%,结果表明rassf4基因启动子区甲基化水平对其在精巢和卵巢中的差异表达发挥调控作用。动物组织的多样性是基因选择性表达的结果,而基因的表达可能受到多种调控方式的作用,包括DNA甲基化。本论文将形态学和分子生物学密切结合,为研究罗非鱼组织分化和功能的分子机制提供基础数据。