海洋丰富的自然资源和巨大的生态系统为海岸带地区人类的生存和发展提供了基础和保障。全面、科学地评估海洋生态系统的价值对海洋与海岸带资源的保护和社会经济的持续发展至关重要。但是目前生态系统的价值评估绝大部分为生态系统服务价值评估,即从生态系统对人类效用的角度衡量生态系统的价值,而缺乏从生态系统自身的角度进行客观评估,这往往低估了生态系统的作用以及由于人类开发所造成的生态系统的损失。因此,补充生态系统内在价值理论及其评估方法对完善生态系统价值理论及其评估方法、为决策提供科学支撑具有重要意义。本论文在对国内外生态系统价值理论、价值评估技术路线与方法文献总结的基础上,根据生态系统自身的属性特点提出了生态系统内在价值的内涵,并根据系统生态学中的评价方法构建了生态系统内在价值评估的技术路线与方法,并应用于案例研究中。取得的主要成果及结论如下：(1)阐述了生态系统内在价值的概念及内涵,得出了生态系统内在价值与服务价值和外在价值的区别与联系。生态系统内在价值就是生态系统及其内含物的价值,包括生态系统的成分、结构以及生态过程功能,生态系统的存在就是一种价值,并不是因为对人类有益而被人类赋予价值。生态系统的内在价值是生态系统服务价值和外在价值的基础。(2)构建了海洋生态系统内在价值评估的技术路线与方法,主要步骤为：①基于生态系统管理原则及研究目标确定研究区生态系统边界；②搜集研究区相关数据与资料；③根据评估对象及内容对生态系统内在价值进行表征；④对生态系统成分及物种多样性进行能值估算,对系统结构及功能进行Eco-exergy估算；⑤分别通过能值货币比率和Eco-exergy货币比率将能量货币化；⑥结果表达。(3)分析了生态系统内在价值评估与服务价值评估的主要区别：①内在价值从生态系统自身的角度考虑生态系统的价值,而服务价值衡量的是生态系统对人类效用的大小；②内在价值评估的对象是生态系统的成分、结构与功能过程,服务价值评估的对象是生态系统提供给人类的供给、支持、调节和文化服务；③内在价值评估方法是以系统生态学为基础的能值与Eco-exergy评估,服务价值评估的主要方法是以效用论为基础的经济学评估方法；④内在价值大小取决于系统的整体属性,服务价值大小取决于效用大小和稀缺程度。(4)将本文构建的海洋生态系统内在价值评估体系应用于案例研究,得到结果为：①2010年厦门湾海洋生态系统成分的能值价值为1301.5亿元,全年Eco-exergy价值为924.3亿元,内在价值总计2225.8亿元,远高于生态系统服务价值72.7亿元和当年厦门海洋产业国内生产总值(Gross Domestic Product,GDP)246.7亿元；②2012年珠江口海洋生态系统内在价值为7683.2亿元；港珠澳大桥建设损失海洋生态系统内在价值3.77亿元,影响比重较小。案例研究结果证明了本文构建的生态系统内在价值评估体系的可行性,也说明将生态系统内在价值评估纳入决策的科学性和必要性。我们认为,能值所表征的是生态系统的存在价值；Eco-exergy所表征的是生态系统的创造价值,即生态系统可对外做功的总能量,或做功的能力。