天人合一一直被认为是中国哲学的基本特征。而近代以来,随着科学文化在中国逐步泛化开来,人们在不断接受科学观念的同时,中国传统意义上的“自然”观念也随之发生了改变。一方面,外在自然界在这一过程中逐渐被“祛魅”而成为可以构造、征服的客观对象;另一方面,随着人类知识和欲望不断膨胀,人们在精神上也逐渐疏远自然,原先人们可亲可近的自然在逐步向人们退隐。在当今这个有科学文化的时代,自然是否仍然可以作为人类可以“居”、可以“由”的场域?面对这样的问题,金岳霖一方面立足于传统,另一方面积极应对西方科学文化的挑战,努力在中华大地上寻找重建自然的路向。面对人与自然的双重疏离的状况,金岳霖区分了元学意义的自然和知识论意义的自然,试图弥合人与自然、事实与价值、科学与人文之间的紧张。在他那里,元学意义上的自然表现为无极而太极的道演历程,而知识论意义上的自然则是现实二分化之后经过“化本然为自然”、“化自然为事实”所形成的自然界和事实界。与西方和中国传统中的自然相比,金岳霖的元学意义上的自然和知识论意义上的自然各有其自身的特点。同时,区分是为了更好的将两者统一起来。金岳霖在分别论述元学意义上的自然和知识论意义上的自然的同时又试图通过在知识论上对外部实在的考察将两者统一起来,然而,由于运用逻辑分析的方法和统一科学和人文、事实和价值的努力之间存在着难以避免的内在张力,他融通元学和知识论的努力并未成功。在金岳霖那里,融通元学和知识论在某种程度上表现为回归自然。回归自然包括回归内在自然和外在自然。与现代新儒家相比,金岳霖不大谈回归外在自然,但是他对于意味的关注在某种程度上使人与自然之间建立精神性的联系成为可能,与此同时,对于概念、命题之意义的清晰性和普遍性的重视又使金岳霖在知识论的态度上拒斥意味,从而又割断了人与自然之间融通的可能;为了反对西方主流意义上的人类中心论和自我中心观,金岳霖谈得较多的是回归内在自然本性。不过,由于他对人类的悲观和其元学体系自身的原因,他的回归内在自然之路依然存在很多问题。不过其学生冯契看到他的“自然”思想存在的诸多问题,在继承的基础上发展了他的许多观点。