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本研究采用RAPD、SSR和ISSR三种分子标记对36份西葫芦材料进行亲缘关系研究。主要研究结果如下:1.西葫芦DNA提取方法的优化。本试验采用改良后的CTAB法提取西葫芦的DNA,所提DNAOD260/OD280均在1.82-2.01之间,产率为每mg叶片92-276ng,所提取的DNA基本无蛋白质污染。从琼脂糖凝胶电泳中可以看出,所提取的DNA主带清晰,迁移率低,排列整齐,完整性好,无明显降解现象,点样孔基本无滞留,能满足RAPD、SSR及ISSR分析的要求。2.优化了西葫芦RAPD反应体系,优化后的RAPD反应体系为:PCR反应总体积20μl,TaKaRa Taq enzyme 0.2μl,10×GC BufferⅡ2μl,2.5 mM Mg2+1μl,dNTP混合物1μl,primer 1μl,template 2μl,灭菌ddH2O12.8μl。扩增程序为94℃预变性10mim;94℃变性40s,退火40s,72℃延伸90s,40次循环;72℃延伸10mim,4℃保存。3.参照近缘种甜瓜和黄瓜的30对SSR引物用于36个西葫芦品种SSR扩增筛选,只有5对引物中筛选出差异,可见同一科引物直接用于西葫芦的SSR分析效果并不好。4.探索合成ISSR引物退火温度与Tm值的差距,最佳退火温度一般在Tm值左右2-6℃。但也有偏离较为严重的,高出10℃以上,此类引物均为某几个碱基组合的单纯重复,例如（CAG）5。5.利用RAPD、SSR和ISSR三种分子标记对西葫芦36个品种材料的亲缘关系进行检测,三种分子标记共从187条引物中多态性和扩增重复性较好的有45条,共扩增出183条片段,其中多态性带167条,多态性百分率为91.26%,表现出丰富的遗传多样性。6.36个试验材料可以分为2大类群:国内主要栽培品种和国外进口品种及其杂交后代。国内主栽品种之间遗传距离较小,亲缘关系较近;国外进口品种及其杂交后代品种之间遗传距离也较小,其亲缘关系也较近;而国内主栽品种与国外品种之间的遗传距离较大,说明其亲缘关系较远。7.利用ISSR设计SSR引物:将特异性较高、亮度较强的ISSR扩增片段回收后克隆、测序,根据测序结果,利用Primer5.0设计了SSR引物。