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背景与目的：相同病理类型和临床分期的食管癌患者接受相同方案的放疗后,近期疗效和预后生存往往不一致。大量的研究已经证实遗传变异是造成这种个体间放疗反应差异的重要原因。其中单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP)是最主要的遗传变异形式,是个体之间外显性、疾病易感性及治疗与药物反应性等生物学性状差异的重要遗传学基础。本研究旨在探讨放射治疗敏感性相关通路的SNPs与食管癌放疗患者近期疗效和预后生存的关联,寻找具有潜在应用价值的预测放疗疗效和预后生存的生物学标志物。方法：本研究募集342例2000年至2011年在中国医学科学院肿瘤医院接受放射治疗的食管癌患者,组织病理学检测确诊为鳞癌。研究采用“候选SNP策略”,共挑选放射治疗敏感性相关通路上的34个候选SNPs进行关联性分析。本研究包括两部分,第一部分165例利用Affymetrix GeneChip Human Mapping6.0set (Affymetrix, Santa Clara, California, USA)芯片分析34个SNP位点的基因型,分析这些位点与食管癌放疗疗效及预后生存的相关性。将第一部分发现的具有关联性SNP位点在第二部分独立的177例患者中进行验证。第二部分患者采用PCR-RFLP(PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism)方法进行基因型分析。非条件Logistic回归计算比值比(odds ratios, ORs)及其95%可信区间(confidence intervals, CIs),用于表示单核苷酸多态位点不同基因型与放疗近期疗效之间的联系。用Kaplan-Meier方法计算不同基因型食管癌放疗患者中位生存时间,并用Log-rank检验分析生存时间差异。用多因素Cox回归模型计算不同基因型患者的死亡风险(hazard ratios, HRs),单因素Cox回归模型分析部分临床参数和近期疗效对患者生存的影响。结果：我们发现P53编码区rs1042522和ERCC13’UTR rs3212986两个SNP位点与食管鳞癌患者放疗近期疗效相关。与P53rs1042522CC基因型患者比较,CG和GG基因型患者对放射治疗的敏感程度均显著降低,OR值分别是0.47(95%CI=0.27-0.83,P=0.009)和0.41(95%CI=0.20-0.84,P=0.014)。携带ERCC1rs3212986AA基因型患者对放射治疗的敏感程度是携带CC基因型患者2.27倍(95%CI=1.00-5.16,P=0.049)。我们还发现4个SNP位点与患者预后生存相关,包括CCND1编码区rs9344、TGFβR2内含子区rs4522809、ATM内含子区rs664143和ATM内含子区rs373759。CCND1rs9344AG基因型患者中位生存时间长于AA基因型患者(分别为20.0个月和18.0个月),前者的死亡风险比后者低(HR=0.63,95%CI=0.45-0.88). TGFβR2rs4522809AA型患者中位生存时间为18.0个月(95%CI=15.0-23.0),GG基因型患者中位生存时间显著延长至40.0个月(95%CI=21.0-73.0,P=0.030)。ATM rs664143GG基因型患者中位生存时间比AA基因型患者延长10.0个月(两者分别是26.0个月和16.0个月,P=0.014),并能够降低46%的死亡风险(HR=0.54,95%CI=0.35-0.85)。ATMrs373759TT基因型患者中位生存时间比CC基因型患者延长11.0个月(两者分别为27.0个月和16.0个月,P=0.007),前者死亡风险降低了46%(HR=0.54,95%CI=0.35-0.84)。另外,患者性别、肿瘤病理分期(Ⅳ期与Ⅰ期/Ⅱ期比较)和根治性食管癌切除术均能够显著影响患者的生存时间和死亡风险(P<0.050)。我们发现,放疗近期疗效能够对患者的预后生存产生显著影响,放射治疗不敏感的患者死亡风险是放疗敏感患者的1.44倍(95%CI=1.06-1.94),中位生存时间缩短8.0个月。结论：我们发现了多个与食管癌放疗患者近期疗效或预后生存相关的SNPs。这些结果表明,一些基因的遗传变异是影响食管癌患者放疗反应差异的重要因素。我们的研究结果具有成为食管癌个体化放疗疗效及预后标志物的潜在应用价值。