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酸枣（Ziziphus jujuba var. spinosa）属鼠李科（Rhamnaceae）枣属（Zizyphus）植物，原产中国，广泛分布于我国北方各省，有1200万年的历史，是我国古老的野生果树和药用植物，具有重要的经济和药用价值。利用现代分子标记研究酸枣遗传多样性及遗传结构，对我国酸枣种质资源的研究和保护，以及北方生态环境治理等都有重要的理论和现实意义。利用改进的双抑制PCR技术开发酸枣SSR多态性引物；通过ABI3130XL测序仪毛细管电泳技术，研究了陕西黄河沿岸酸枣遗传多样性。同时，利用9对SSR引物分析和评价了北方43份酸枣古树资源，并建立其DNA指纹图谱。具体结果、结论如下：本研究开发了10对酸枣SSR引物，研究了自然群体的40个酸枣样品的多样性。每个位点的等位基因2～10，平均6.4个等位基因；期望杂合值He和观测杂合值Ho范围分别为0.420～0.832和0.161～0.975，平均He=0.667，Ho=0.516。除Zspin08、Zspin23和Zspin24标记以外，其他标记没有出现显著的哈代温伯格平衡偏离现象(P>0.05)。当P>0.05时，未检测到连锁不平衡现象。开发引物可用于酸枣遗传多样性和群体结构分析。陕西黄河沿岸酸枣群体和酸枣古树群体各基因座的平均等位基因分别为12.8和9.33，平均期望杂合度分别为0.805和0.714，充分表现了酸枣群体在自然选择下的杂合优势，具有丰富的遗传多样性。陕西黄河沿岸酸枣和酸枣古树基因流分别为9.125和5.205，表明酸枣群体间广泛的基因交流，其群体内遗传变异程度大于种群间分化。在聚类分析结果中，陕西黄河沿岸各酸枣群体表现为遗传相似性与表现型特征关系密切，与地域关系不明显；而在更大区域范围的酸枣古树群体研究中，酸枣资源的遗传关系则基本呈地域趋势。本研究采用以片段分子量为基础的引物组合法构建了43份酸枣古树的指纹图谱。酸枣古树指纹图谱的建立对于其身份识别，后代传播提供了依据，对于古酸枣资源保护与利用也具有重要意义。