论文部分内容阅读
随着DNA分子标记技术的发展和应用,传统育种和分子标记辅助选择育种相结合已成为鱼类培育新品种的有效手段。分子辅助选择育种的研究目的是寻找与重要经济性状相关的重要基因或分子标记。而体重、体长、体高和体宽是鱼类生长选育的重要性状。因此,本研究筛选3个与鳜鱼生长性状相关的基因作为候选基因进行了研究,具体研究结果如下:1.运用比较基因组学和PCR技术,得到以下结果。(1)分别获得了翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜的胰岛素样生长因子I(insulin-like growth factors I,IGF-I)和胰岛素样生长因子II(insulin-like growth factors II,IGF-II)全基因DNA序列。(2)对其序列结构、编码氨基酸序列、序列间差异进行了分析研究,并构建了系统进化树。(3)通过序列比对在IGF-I发现了125个潜在的SNPs,其中外显子5个;在IGF-II发现了86潜在的SNPs,其中外显子4个。2.以11个不同鳜群为试验对象,利用高分辨率溶解曲线(High ResolutionMelting,HRM)技术对IGF-I外显子的5个潜在SNPs进行了检测,发现只有两个位点有多态性。(1)在SNP1(A321G)中,所有鳜群中A等位基因的频率都要高于G等位基因的频率。尤其在翘嘴鳜×大眼鳜(翘大)和湖南翘嘴鳜F2(湖翘F2)群体中A等位基因的频率达到了1,而G为0。χ2检验结果表明只有江苏翘嘴鳜×湖南翘嘴鳜(江翘湖翘)、翘嘴鳜×斑鳜(翘斑)、大眼鳜×翘嘴鳜(大翘)、湖南翘嘴鳜×(翘嘴鳜×斑鳜F1)回交(湖翘×翘斑)和翘嘴鳜×斑鳜F2(翘斑F2)符合Hardy-Weinberg平衡状态,其他群体都极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。遗传多样性分析表明翘嘴鳜群体的纯合度很高,但多态信息含量为低度多态(PIC<0.25)。翘斑杂交、回交群体表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。标记与性状关联分析发现SNP1基因型与翘斑F2体重、体长和体宽相关显著(P<0.05),AA和AG基因型个体生长速度要明显高于GG型(P<0.05)。(2)在SNP2(A537G)位点中,除了翘斑F2代外,在其他鳜个体中没有发现GG基因型,所有鳜群中A为优势等位基因。χ2检验结果发现只有大翘、湖翘×翘斑和翘斑F2代三个鳜群处于Hardy-Weinberg平衡状态;其他鳜群都显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P <0.05)。多态信息含量分析表明翘嘴鳜四个群体为低度多态(PIC<0.25),其他鳜群为中度多态(0.25<PIC<0.5)。标记与性状关联分析发现翘斑F2的体重、体高和体宽和SNP2基因型呈显著性相关(P<0.05),AA和AG型的生长速度要显著高于GG型。湖翘F2的AG型个体体宽性状要显著高于AA基因型(P <0.05)。(3)数据分析显示翘斑F2有8种双倍体,双倍体H1H1在体重、体长、体高和体宽都是最低,与其他四种双倍体显著差异(P <0.05)。湖翘F2有5种双倍体,H1H2的体宽均值要显著高于H1H1(P<0.05)。3.利用HRM技术对IGF-II基因外显子中潜在的4个SNPs进行检测,发现只有两个位点有多态性。(1)在SNP3(C307T)中,除了大翘和翘大鳜群T等位基因频率高于C等位基因频率,其他鳜群C为优势等位基因。χ2检验结果表明只有湖翘、大翘、翘大和大翘F2符合Hardy-Weinberg平衡状态。遗传多样性分析表明翘大、大翘的纯合度不高,但多态信息含量为中度多态。标记与性状关联分析发现SNP3基因型与大翘F2四个生长性状呈显著性相关(P <0.05),CT型个体在这四个性状方面都要显著高于TT型个体(P <0.05)。(2)在SNP4(C618T)中,所有鳜群中C等位基因的频率都要高于T等位基因的频率,尤其在翘大、湖翘F2和大翘F2代中C等位基因的频率达到了1。χ2检验结果表明只有江翘湖翘和大翘群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。遗传多样性分析表明翘斑杂交、回交群体的杂合度很高,多态信息含量为中度多态。标记与性状关联分析发现翘斑F2的体重、体长和体高和SNP4基因型显著相关,CC和CT型个体要显著高于GG型(P <0.05)。(3)数据分析显示翘斑F2代有8种双倍体,双倍型H1H2和H3H3在体重、体长、体高和体宽方面都要显著高于其他双倍型(P <0.05)。4. HRM检测结果表明GH基因外显子5SNP5(T491C、C501A)、内含子5SNP6(T75G)和3’UTR SNP7(A720G、T739C)具有多态性。其中外显子5中C501A的突变,使异亮氨酸变为蛋氨酸,但这个突变只在翘斑组合中检测到。(1)在SNP5位点T491C中,只检测到两种基因型TT和TC。T为优势等位基因。χ2检验结果表明只有湖翘、江翘、大翘、湖翘×翘斑和翘斑F2符合Hardy-Weinberg平衡状态。遗传多样性分析表明,除了江翘和翘斑F2组合外,其他群体杂合度较高,多态信息含量表现为中度多态。标记与性状关联分析发现SNP5基因型与湖翘F2体宽指标呈显著性相关(P <0.05),TT型体宽要明显高于CT型。(2)在SNP6(T75G)中,除了江翘全部为TT基因型外,所有鳜群中TG基因型个体所占比例最大。χ2检验结果表明只有翘斑、翘大和大翘F2代群体极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传多样性分析发现全部鳜群都表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。标记与性状关联分析发现翘斑F2代TG型个体在体重、体长性状要显著高于GG型(P <0.05);湖翘F2代在这四个生长性状方面都和SNP6基因型有显著性相关(P <0.05),TT型个体生长速度最慢,GG型个体生长速度最快。GG型和TT型差异极显著(P <0.01),TG型和TT型差异显著(P <0.05)。(3)在SNP7(A720G、T739C)中,这两个突变是完全连锁遗传的,所以只对位点A720G进行了分析。结果显示除了翘斑杂交、回交组合检测到三种基因型,其他鳜群只有一种基因型AA。χ2检验结果表明只有翘斑极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P <0.01)。遗传多样性分析发现翘斑鳜群都表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。标记与性状关联分析发现和翘斑F2代生长性状无显著性相关。(4)翘斑F2代共有6种单倍型,12种双倍体。双倍体H2H4在体重、体长、体高和体宽四个方面都要高于其他双倍体组合,呈显著性差异(P <0.05)。湖翘F2代共有5种双倍体, H3H2组合在体重、体长和体宽三个性状方面都要显著高于H1H1、H1H2两组(P <0.05)。大翘F2代有5种双倍体,双倍体H1H1在体宽性状方面要显著低于其他组合(P <0.05)。