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我国是食用菌产业大国，据统计我国08年食用菌实现产值820亿元，产量达到1730万吨，占世界的80％以上。菌种是食用菌产业的源头，其质量至关重要，是影响食用菌生产效益高低的关键因素，因此，菌种鉴定技术方法急待提高完善。本研究以香菇、草菇、平菇等十五种常见栽培食用菌的30个菌株为材料，应用PCR产物克隆测序技术以及rDNA序列分析方法，研究供试菌种的亲缘关系及分类地位，建立起较为系统的适合多种食用菌菌种分类鉴定的技术方法，为食用菌菌种管理的规范化提供技术支撑。研究结果如下：
1.常见食用菌菌丝培养及形态特征观察对29个实验菌株进行试管斜面培养，观察记录菌丝外观形态，结果表明，除了诸如猴头菇等极小部分菌种有典型的菌丝形态特征，可从外观直接鉴定出以外，绝大多数食用菌菌种外观形态相似，难以辨别。
2.基于rDNA序列的常见栽培食用菌的菌种鉴定研究对香菇、草菇、平菇等十四种常见栽培食用菌的29个菌株的18SrDNA及ITS序列进行测序分析，构建系统发育树。由18S序列构建的系统发育树表明：常见栽培食用菌菌种的门间相似性≥94.2％，纲间相似性≥98.3％，目间相似性≥98.5％，科、属、种间的相似性都极高，单从相似性数值较难区分，但在发育树图上亲缘关系近的属种会聚在同一分支。由ITS序列构建的系统发育树表明：常见栽培食用菌菌种的ITS序列在门、纲、目水平上相似性较低，它们聚类的可信度也较低，但在科、属、种水平上的聚类可信度高且易于鉴定区分，侧耳科内香菇属和侧耳属相似性为88％；蛹虫草和冬虫夏草相似性为91％；侧耳属内种问相似性≥99.5％，可信度为99％；香菇种内相似性接近100％，但仍存在细微的碱基差异。
3.基于rDNAITS序列的凤尾菇分类地位研究针对我国栽培凤尾菇及其近缘种的ITS序列，应用特异引物进行PCR扩增，对其产物进行测序，构建系统发育树，结果表明：凤尾菇在侧耳属(Pleurotus)分支上，它与侧耳属内种的相似性达98.5％以上，韧伞属(Lentinus)和香菇属(Lentinual)的属内相似性也均为98％以上，而侧耳属和韧伞属、香菇属的属间相似性仅约为80％，故凤尾菇应归于侧耳属；在进一步研究中，将该风尾菇与其近缘种的ITS1-5.8S-ITS2序列作碱基完全比对，结果发现它与肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)的碱基完全一致，而与其他近缘种均存在较大碱基差异，因此，目前我国广泛栽培的凤尾菇与肺形侧耳可能是同物异名种，建议其拉丁名统一为Pleurotus pulmonarius。此外，实验表明ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值。
4.食用菌菌种快速鉴定技术方法的建立18SrDNA序列分析适用于高级分类阶元(如：门、纲、目)菌种的鉴定；ITS序列分析可用于较低分类阶元(如：科、属、种)菌种的鉴定。对于完全未知的食用菌菌种，可将两个目标片段18SrDNA和ITS结合分析来鉴定；而对于已知其所隶属科或属的菌种，单独应用ITS序列分析就能鉴定出它的具体种类。