核桃(Juglans regia)是重要的经济林树种,是世界四大坚果之一。由于其重要价值,核桃的研究基础较为深厚；喙核桃[Annamocarya sinensis(Dode) Leroy]隶属于胡桃科,是我国二级保护植物,存留树木少且自然更新困难,亟待在制定科学的保护策略的基础上开展有效保护。本研究中,利用核桃EST序列,开发了大量EST-SSR引物,同时检测其在核桃、黑核桃、山核桃、大别山山核桃及喙核桃之间的通用性及多态性。将高多态性的EST-SSR引物用于喙核桃群体遗传结构分析,提出了喙核桃保护策略。主要研究结果如下：(1)通过拼接13,559条核桃EST序列共获得7,262unigenes,包括1,911contigs和5,351singletons。其中706条序列中含有805个符合搜索标准的SSR位点。共合成309对EST-SSR引物,在核桃、黑核桃、山核桃、大别山山核桃及喙核桃中扩增效果较好的引物数(百分率)分别为191(61.8%)、233(75.4%)、152(49.2%)、130(42.1%)及120(38.8%),其中77对在以上5个种中扩增效果均很好。通过多样性检测,在核桃、黑核桃、山核桃、大别山山核桃及喙核桃中表现为多态性的引物个数(百分率)分别为33(42.9%)、32(41.6%)、10(13.0%)、12(15.6%)及21(27.3%),并从中选取13对多态性引物对以上5种进行遗传多样性分析。(2)利用12对EST-SSR引物对来自3个居群的70个喙核桃样本进行遗传多样性及居群结构分析,其结果表明喙核桃具有较高的遗传多样性和较低的遗传分化系数：平均观测等位基因Na=4.667±0.436,平均有效等位基因Na=2.913±0.249,观测杂合度Ho=0.586±0.039,期望杂合度He=0.582±0.029,固定系数F=-0.028±0.057,平均遗传差异FST=0.066±0.011,分子方差分析表明87%的遗传差异来自居群内,13%的差异来自居群之间。依此制定以下保护策略：保护所有现存居群及个体；采取措施人工促进自然更新并促进不同基因型之间的有性繁殖；开展措施进行迁地保护,建立远缘杂交程序。