广东得改革开放风气之先，与香港、澳门的合作已发展成为由三地组成的大珠三角经济区域。2010年4月和2011年3月，广东与香港、澳门先后在北京签署了《粤港合作框架协议》和《粤澳合作框架协议》，对未来十年粤港（澳）的合作内容进行了整体性安排，这是我国省级政府与特别行政区之间签订的区际间政府合作协议。应当看到，随着粤港澳合作的紧密，大量的粤港澳政府合作协议将陆续有来。从法学的角度看，恰当认识这类政府合作协议不仅有利于协议本身的履行与实践，更有助于推进法治的交流与发展。为此，本文设四章来论述这一问题:　　第一章，本文运用语义分析方法，通过分析“区际”、“行政协议”的含义，尝试从内涵、特征上提炼出“区际行政协议”这一学术概念来描述这类政府合作协议，并对其与区域行政协议、区域行政立法和CEPA作了概念辨析，最后还对区际行政协议的作用作了一番探讨。　　第二章，本文运用实证分析方法研究粤港澳区际行政协议的产生与实践。本文认为，粤港澳区际行政协议是在区域经济一体化下和区域合作治理的现实需求下，由粤港澳经济区域内三地不同法域之间的行政机关为协调区际社会经济公共事务而合意订立的行政协议。其中，区域经济一体化的客观趋势是其产生的外因，而区域合作治理的内在要求则是其产生的内因。然后，将《粤港（澳）合作框架协议》作为文本通过缔结依据、协议名称及缔结主体、缔结程序、协议条款来分析当前粤港澳区际行政协议的运作模式。　　第三章，本文从国外和国内两个层面，运用比较分析的方法，选取了美国的州际协定制度、西班牙的公共协议制度和我国长三角区域行政协议实践作为研究的参照系。通过比较，分析出当前粤港澳区际行政协议的优势和不足，并对国内外政府合作协议实践的借鉴意义进行了总结。　　第四章，研究完善粤港澳区际行政协议的规则。本文在比较和借鉴的基础上，从缔结权限、法律地位、协议条款设置、争议解决机制等四个方面为粤港澳区际行政协议的完善提出了若干建议，并对其理由进行了详尽阐述。　　余论部分，探讨行政自制与区际行政协议的关系。本文认为，区际行政协议与行政自制理论具有内在的关联性，区际行政协议是体现行政自制与他制协调统一的实践机制。由于目前我国尚未有法律来规范这一非强制行政行为，因而本文建议尽快实现区际行政协议的法治化。