自改革开放以来,我国各行各业都得到了不断的发展。就我国建筑业来看,其发展也相当迅猛。新农村建设的开展,我国各工程项目的推进,极大的改变了我国城乡面貌。可以说,作为国民经济的主导产业之一,建筑业的不断投资,直接关系到了我国的国计民生。所以,近些年来,关于工程项目的施工阶段经营管理越来越多的得到众多专家学者,以及各有关主体的研究和关注。本文通过对工程项目施工阶段管理相关文献以及相关工程项目的研究和整理,着重对工程项目施工阶段经营管理中内部控制进行了研究,期望寄以该研究,能对施工企业业内探索研究应用性强的内部控制体系有所借鉴,解决施工企业实际操作中内部控制存在的问题及在项目管理过程中的实施运用,以不断完善施工企业内部管理控制体系,提高施工企业的运行质量。本文通过对工程项目施工阶段经营管理内部控制的研究,提出了我国工程项目建设过程之中存在着质量低下,违纪违规等严重危害人民生命财产安全等问题,并通过内部控制的相关理论进行了原因分析,肯定了内部控制在工程项目建设过程之中的积极作用,也为工程项目施工阶段经营管理内部控制提出建议。