土地承包经营权入股是一个历史性问题,也是新时代农业发展所面临的课题。随着党中央有关土地改革新政策的出台,各个地区正在积极试点、探索创新土地承包经营权入股各种组织形式,以期在市场经济模式下实现土地承包经营权的收益最大化。目前,在一些试点地区,盘活土地承包经营权,提高农民的收益,已取得了良好成效。然而,在这些组织因诸种风险面临破产清算时,如何处理农户股东入股的土地承包经营权是一个亟待解决的问题。因为土地承包经营权在中国现阶段的基本国情下兼具财产性价值和社会性价值,这就决定了土地承包经营权益与农户股东的生存保障存在千丝万缕的联系,甚至是部分农户股东唯一的生活收入来源,所以土地承包经营权不能随意进行市场化流转。现有实践的做法——将土地承包经营权归还农户股东,具有合理性,有其存在价值,但是这并不利于未来土地承包经营权的流转。而学者们的研究大多停留在土地承包经营权入股及其入股何种组织形式的阶段,对入股后破产清算阶段的处理模式还缺乏针对性研究。因此,笔者采用了价值分析法、比较分析法等研究方法,试通过对土地承包经营权入股的法理、实践模式进行梳理,依破产清算阶段土地承包经营权的特殊性明确土地承包经营权在破产清算中流转的基本原则、处理模式等。论文的正文分为五大部分：第一部分：土地承包经营权入股及其在破产清算中的法律属性。本部分简要阐述了土地承包经营权入股的合理性、合法性得出承包经营权入股的法理基础,结合目前各地试点的实践模式,来明确土地承包经营权入股是现阶段经济社会发展的必然要求。第二部分：土地承包经营权在破产清算中的法律属性。本部分主要界定了土地承包经营权在入股企业后,在企业面临破产清算时,土地承包经营权的法律关系。通过土地承包经营权特定的法律属性来探寻其破产清算中须兼顾的价值。第三部分：土地承包经营权在破产清算中的特殊性和利益冲突。本部分通过将土地承包经营权与一般破产财产进行比较,以及土地承包经营权的本身的双重属性(财产性和社会性)得出破产清算中土地承包经营权的特殊性及易产生的利益冲突。这些利益冲突主要包括企业内部的利益冲突和外部的利益冲突,冲突的平衡依赖于统一的市场化运营模式的形成,而现阶段只能追求在基本国情基础之上最大的公平。第四部分：土地承包经营权在破产清算中的处理原则。本部分阐述了土地承包经营权在破产清算中流转的三大基本原则：土地承包经营权的社会价值优先、土地承包经营权流转的整体性、土地承包经营权人自主经营的相对性原则。这三大基本原则是基于现有基本国情得出的,只有严格遵循之,才能兼顾清算中各方利益主体的最大权益。第五部分：土地承包经营权在破产清算中的处理方式。本部分依据各地区农户对土地的依赖程度分三类区别对待土地承包经营权在清算中的移转,即完全依赖土地生存型、不完全依赖土地生存型和完全不依赖土地生存型。对于第一种,大多入股“股份合作社”,此时可限制土地承包经营权的流转,辅之以完善农村的社会保障机制、强化地方政府“引导者”的作用。对于第二种兼有“股份合作社”和“有限责任公司”两种组织形式,对此我们可以构建部分土地的承包经营权流转,并配套以相关农业保险制度。对于第三种完全市场化的流转,仍需要遵循我国现阶段粮食生产安全战略的要求,严守耕地保护红线,即在流转过程中不改变土地用途、完善政府及相关组织的监管规范机制、对债权人再流转土地承包经营权。