流域水资源是自然资源的重要组成部分,是人类赖以生存的基础。在水资源紧缺、水污染严重的当下,实现水资源可持续利用,协调好利用与保护之间的关系,己然成为一个世纪性课题。流域水功能区划,是一项协调流域合理利用与有效保护之间关系、实现水资源可持续利用的重要基础性工作。健全的流域水功能区划制度是实现流域水功能区划和管理的基础和前提。流域水功能区划制度是有关流域水功能划定的范围、主体、程序、监督管理和法律责任等一系列规定的总称,其目的是根据流域水资源的自然条件,结合当今经济社会的需求,处理好水资源开发利用保护中个体和整体之间的关系,为水资源的开发、利用、保护、监督等方面管理提供科学的法律依据,实现水资源的可持续利用。我国流域水功能区划制度已经逐步建立,但目前仍存在不少问题。在立法层面,存在规定过于原则化,前瞻性、系统性缺乏,定位不准确以及对流域水功能区划不够重视等问题;在制度内容层面,存在划分原则不明晰、划分标准不统一、划分三主体不清楚、法律责任不严格等问题。从这两个层而着手,一方面可通过修改相关法律法规和补充配套规定来完善;另一方面可通过完善流域水功能区划制度具体内容来解决,包括明确流域水功能区划的划定原则、划定标准、划定主体和补充相关法律责任等。解决这些问题,将促进水功能区划工作有效开展,进一步推进我国水资源法治建设。