究竟什么是自主创新?在理论界尚缺乏共识。如何科学地评价企业、行业、区域乃至国家的自主创新能力，在统计理论和实践上还是一个正在探索的问题。自主创新能力是国家竞争力的核心，提高自主创新能力的基础在企业。2005年以来，企业自主创新能力评价问题引起理论界的重视，许多学者开始进行这方面的研究，提出了各种评价指标体系。这些研究的角度不尽相同，但是基本上同国家统计局国家经济景气监测中心提出的评价指标体系相类似，绝大多数指标对创新的自主性强调不够。虽然企业的技术创新能力也能反映企业的自主创新能力，但是不够直接。　　 研究与开发是一个复杂系统，是决定企业创新能力和水平的一个关键环节。一个企业如果没有研究与开发能力，就没有真正意义上的自主创新能力，但如果一个企业具有高水平的研究与开发能力，其自主创新能力也不一定处于高水平。因此，本文试图对企业研究与开发系统中的自主创新能力进行分析评价具有一定的理论与现实意义。　　 本文从企业自主创新能力评价的角度以及构建的评价指标体系两个方面，对企业自主创新能力的研究概况进行综述；阐述企业研究与开发系统的有关理论；对企业研究与开发系统的自主创新能力进行评价；运用北京软件企业2007年一年的截面数据构建北京软件企业研究与开发系统的自主创新能力评价指标体系，采用AHP-PCA模型做综合评价研究，并针对综合评价结果进行分析。　　 以往对企业自主创新能力的评价都是从整个企业的角度进行，对其研究与开发中的自主创新能力进行研究的还不多见。具体对北京软件企业研究与开发系统的自主创新能力进行综合评价的，本文尚属首例。本文的另一个创新之处在于对企业研究与开发系统从研究开发组织与机构、研究开发经费、研究开发人员等方面，侧重从自主创新能力的角度提出评价指标。在方法上，本文运用AHP-PCA模型进行综合评价，该方法兼顾了层次分析法与主成分分析法的优点，主客观结合，避免了层次分析法中由于人为因素带来的缺点，从而使评价结果更全面，更符合客观实际。