随着人类活动的不断扩大，野生坛紫菜种质资源生存遭受严重威胁，优良种质日益减少。而栽培坛紫菜也由于缺乏优良栽培品种或品系，生产实践中屡屡出现“白网”、“烂菜”现象，致使养殖户遭受经济损失。许多实验室为了培育坛紫菜优良品种或品系，通过对具有优良性状的野生或栽培坛紫菜进行组织、单细胞克隆培养，获得丝状体纯系进行室内保种。由于坛紫菜叶状体个体或丝状体品系间缺乏可靠的形态学分类特征，所以在一定程度上增加了坛紫菜优良品种选育的难度。为此尝试利用条斑紫菜的EST序列来研究坛紫菜的微卫星标记，以期为坛紫菜遗传育种和分子辅助育种提供一种新的、可靠的辅助方法。 利用坛紫菜叶状体对几种常见的紫菜DNA提取方法—SDS裂解法、CTAB法、LiCl法及试剂盒法进行了一个简单、全面的比较，结果表明提取的DNA量：LiCl法> CTAB法>试剂盒法> SDS裂解法，纯度：试剂盒法> CTAB法> LiCl法> SDS裂解法。同时利用两种试剂盒对坛紫菜丝状体进行了DNA 提取，发现其提取效果要远好于叶状体。 应用Blast软件从20,979条条斑紫菜EST序列中筛选微卫星位点,共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1.01﹪。其中双碱基重复微卫星位点35个，三碱基有176个。从筛选出的微卫星位点中设计、合成15对引物，其中11对引物在坛紫菜上获得了种间转移扩增。扩增产物的主要条带经过回收、克隆、测序发现大部分引物对的条带都含有与期望一致的微卫星重复序列，也有与期望不一致的重复序列，还有些引物对的扩增产物中不含重复序列。 通过对坛紫菜叶状体的扩增、条带回收克隆、测序，筛选出6对引物用于6个不同丝状体品系的DNA指纹图谱的构建，6个引物对共扩增出40个位点，其中多态性位点的数目为37个，比例高达92.50﹪。其中引物组合AU195385和AU191289的5个位点、AV435669和AU187410的6个位点、AU196400和AU1920940的6个位点构建的3个DNA指纹图均能很好地分开6个不同品系。 根据6个引物对的扩增结果计算出不同品系之间的遗传距离，其中Hzb和Hzu的遗传距离最小，为0.2877，其次为Hzb和Hml。聚类分析结果显示Hzb、Hzu和Hml很好的聚合在一起，而Hzc则单独聚类。