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本文研究结果如下：
1)共发现底栖硅藻186种(包括变种、变型)，隶属2纲、7目、10科、28属。羽纹纲物种较为丰富，有178种，占总种数的95.70％，中心纲物种数相对较少，仅8种，占总种数的4.30％。
2)底栖硅藻细胞密度变幅为0.93×104-ind·cm-2．-20.72×104ind·cm-2，极值分别出现在丰水期的CX1和枯水期的CTM，总平均6.78×104-ind·cm-2；Shannon—Weaner多样性指数值(H)变幅为0.64-3.62，极值分别出现在丰水期的CTM和枯水期的CT1，总平均2.45；Margalef多样性指数值(D)变幅为0.72-4.20，极值分别出现在丰水期的CTM和枯水期的CT2，总平均2.41；Pielou均匀度指数值(E)变幅为0.18-0.62，极值分别出现在丰水期的CTM和枯水期的CT1，总平均0.46。
3)底栖硅藻群落结构呈现出显著季节和水平分布上的变化：季节变化上，各采样点枯水期和平水期底栖硅藻群落结构较为相似，呈现出物种数、细胞密度、多样性指数值和均匀度指数值显著高于丰水期的特点；水平分布上，从上游到下游，底栖硅藻群落结构大体呈现出物种数逐渐减少，细胞密度逐渐增加，多样性指数值和均匀度指数值逐渐降低的趋势。流经各区、县(市)时，底栖硅藻群落结构物种数、多样性指数和均匀度指数值呈现出“V”字形变化特点：即城市上游对照断面采样点各值较高，污染断面有所下降，下游观察断面又有所回升。而细胞密度呈现出与之相反的倒“V”字形结构。
4)Twinspan分类和DCA排序结果表明，根据底栖硅藻群落与水体理化因子关系，36个采样点分为4组，第一组主要由嘉陵江上游水质较好的CT1、CT2、GY1等8个采样点组成；第二组主要由嘉陵江下游水质为微污或β—中污水体的HC1、HC3、BB1等4个采样点组成；第三组主要由嘉陵江中游位于城市观察断面水质介于微污与β—中污水体之间的LZ3、YL1、NB1等10个采样点组成；第四组由嘉陵江中下游位于城市污染断面水质为α—中污或重污水体的WS2、BB2、CTM等14个采样点组成。
5)理化因子与底栖硅藻细胞密度相关分析表明，底栖硅藻细胞密度与TN、TP、COD、BOD、NH3—N等反映水体营养状况的理化因子成正相关，其中与NH3—N(R=0.918，P＜0.001)和TN(R=0.884，P＜0.01)成极显著正相关，说明二者是影响底栖硅藻细胞密度的主要理化因子。
6)水质模糊综合评价结果表明，CT1、GY1、CX1、LZ1等7个采样点水质最好，为清洁水体；YL1、CX2、BB1、NB3、NB2、PA3等15个采样点为微污水体；NC1、PA2、LZ2、GY2、WS2等11个采样点为β—中污水体；CQK、NC2、CTM等3个采样点水质较差，为α—中污水体，尤其是CTM，近为重污染水体。总体而言，从上游到下游，嘉陵江水质呈现出逐渐降低的趋势，因此应采取相应措施防治和治理污染、保护水环境。