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问荆(Equisetum arvense)是楔叶蕨亚门的典型代表，在蕨类植物系统中具有特殊的进化位置，研究其孢子萌发过程的生物学特征具有重要的理论和应用价值。 运用蛋白质双向电泳技术对问荆孢子萌发过程中成熟孢子、水化孢子、双细胞核孢子、萌发孢子、具原丝体细胞孢子等不同时间的蛋白质样品进行检测分析。利用等电点范围4-7的IPG胶条和12.5％的SDS-PAGE对上述问荆孢子蛋白样品进行了系统的双向电泳分析，在考马斯亮蓝染色的聚丙烯酰胺胺凝胶上依次得到1243±47、1247±34、1254±31、1229±57和1234±40个蛋白质点。利用ImageMaster2D platinum2.0软件分析各个蛋白点相对表达丰度随发育进程的变化，共检测到146个表达丰度变化差异显著的蛋白质斑点，并利用MALDI-TOF-MS/MS技术鉴定了其中114个蛋白质斑点（代表了95种蛋白质）。生物信息学分析表明它们隶属于参与光合作用、能量代谢-呼吸作用、代谢作用、脂类代谢、氨基酸代谢、次生代谢、其他代谢、转录作用、蛋白合成、蛋白折叠、蛋白转换、细胞膜及运输、信号转导、胁迫反应、细胞骨架、未知蛋白等16个功能类群。其中，参与光合作用(17％)、蛋白质代谢(32％)以及糖类和能量代谢(14％)的蛋白质在成熟孢子中高度代表，可见参与这些代谢过程的蛋白质已经在成熟孢子中预合成。同时，在问荆孢子萌发差异蛋白质的分析中，发现Rubisco大亚基前体、苹果酸脱氢酶、烯醇酶、eIF4A-5、GTP结合蛋白、抗坏血酸过氧化物酶等蛋白质具有两个以上的同工型(isoform)，占全部鉴定蛋白质的11％。这些蛋白质主要参与光合作用、能量代谢、信号转导和防御胁迫。蛋白质同工型在问荆孢子萌发过程中表现出的多样性的丰度变化模式对于孢子的功能具有重要意义。