叶用芥菜叶缘裂刻基因的定位与分子标记开发利用

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叶缘裂刻是植物对逆境一种较强的适应,与植物光合作用有关;叶用芥菜(Brassica juncea)叶缘裂刻多的其叶柄占比高,加工中更有优势;然而,生产上叶用芥菜常受先期抽薹困扰。因此,选育具有裂刻和耐抽薹性状的叶用芥菜资源非常重要。为此,本研究以2个叶用芥菜DH系叶缘全缘‘MN001’和叶缘裂刻‘MU056’为亲本,构建F2、BC1和F4试验群体,通过光合作用和产量测定分析裂刻性状优势;利用F2分离群体构建混池,并结合Graded Pool-seq(GPS)关联分析定位裂刻性状初区间,通过基因注释、生物信息学和q RT-PCR等方法分析候选基因;结合亲本重测序结果,在候选区间开发SSR标记,辅助选育叶用芥菜裂刻耐抽薹品种。主要结果如下:1.叶缘裂刻遗传特性观察及光能利用率分析经调查F2分离群体中裂刻植株714株,全缘植株286株,卡方检验(χ~2=3.303,p=0.069)符合孟德尔遗传分离规律3:1;光合分析显示裂刻芥光饱和点约是全缘芥的2倍,且F1的Pn值介于两亲本间;定植65天后裂刻与全缘植株产量差异显著。2.GPS分析定位目的区间、基因注释筛选候选基因及q RT-PCR表达分析利用F2分离群体结合GPS关联分析,在A基因组10号染色体上物理距离0.6 Mb(18.4 Mb-19.0 Mb)的区域内获得裂刻性状初定位区间;经GO分析筛选到与叶形态发生相关的候选基因Bju A040054;q RT-PCR分析显示Bju A040054在叶边缘的表达高于内部,且在全缘叶和裂刻叶中表达有明显差异。3.SSR标记的开发及应用在候选区间开发获得46个SSR标记序列,利用亲本及F1筛选到编号为A10-32的SSR标记引物有明显多态性,F1有亲本互补带型;BC1群体验证该标记与Bju A040054连锁,物理距离为29.6 kb;应用该标记鉴定混杂‘黔青5号’种子纯度为90.9%,并结合耐抽薹SSR标记,在苗期辅助筛选到20株裂刻耐抽薹植株;该标记可在苗期对叶用芥菜进行品种辅助选育及种子纯度鉴定。
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