第四纪冰期时,气候和环境的剧烈变化,对现今物种的分布格局产生了深远的影响。亲缘地理学研究对揭示现存物种的空间分布格局、群体遗传结构、多样性的形成机制等问题有重要意义。卷鞘鸢尾（Iris potaninii Maxim.）,隶属于鸢尾科（Iridaceae）鸢尾属（Iris L.）,多年生草本植物,分布于甘肃、青海、四川、西藏、内蒙等省,也产蒙古、俄罗斯,是青藏高原及其毗邻地区的高寒草原、高寒草甸的重要组成。为揭示卷鞘鸢尾的遗传多样性、亲缘地理格局及群体动态历史,本研究对卷鞘鸢尾15个居群共128个个体的叶绿体DNA及SSR位点进行了分析。在叶绿体序列矩阵中,共有68个单核苷酸变异位点,检测出19个单倍型,单倍型多样性（h）为0.875,核苷酸多样性（π）为0.00417。在物种水平上,卷鞘鸢尾的遗传分化指数(F_st)为0.92915,表明居群间的遗传分化较为显著。基于叶绿体序列矩阵构建的NJ树显示,卷鞘鸢尾全部个体可以分为4个大的分支,采集自呼伦贝尔高原（满洲里市）的居群MZ单独形成一个分支;采集自横断山的居群XJ与采集自青南高原的居群KH组成一个分支;其它分布在青藏高原的卷鞘鸢尾居群分别形成第3、4个分支。单倍型网络图显示,居群MZ的单倍型与青藏高原地区居群的单倍型之间发生了明显的遗传分化;除居群KH外,分布在青藏高原的其它各居群均有较近的亲缘关系。Structure分析表明,卷鞘鸢尾全部居群分为4个聚类。AMOVA分析表明,卷鞘鸢尾的遗传分化主要来自居群间。物种水平的错配分析表明,卷鞘鸢尾在历史上没有发生过大规模的扩张。9个SSR位点共包含175个等位基因,平均每个位点包含等位基因19.4个,多态位点百分率（PPL）为98.86%,基因多样性为0.304,居群平均期望杂合度（H_E）为0.698,平均观测杂合度（H_O）为0.627,平均自交系数(F_IS)仅有0.177;表明鞘鸢尾有较高的遗传多样性。居群间的平均遗传分化指数(F_st)为0.17,表明各居群间的没有明显的遗传分化。使用Structure和PCA分析进行聚类分析,支持将所有卷鞘鸢尾分为4个聚类。AMOVA分析结果表明,卷翘鸢尾居群内变异较多。基于SSR位点构建的NJ树支持将15个居群分为4个大的分支。综合所有分析结果,本研究认为居群MZ为祖先居群;青南高原玉树地区为遗传多样性分布中心。本文对古气候条件变迁和青藏高原及其毗邻地区的复杂地形对卷鞘鸢尾现今分布格局的塑造进行了探究;揭示了卷鞘鸢尾的群体历史动态,确定了其冰期避难所和冰后期可能的扩散路线。本研究为青藏高原及其毗邻地区其他植物类群的亲缘地理研究提供了新的科学素材,为深入了解鸢尾属的进化历史提供了科学依据和参考。