南瓜是葫芦科南瓜属蔬菜作物,在世界范围内广泛种植,是主要的瓜类蔬菜作物之一。我国南瓜的栽培种植面积及产量均居世界领先地位,南瓜产业现已成为农民致富的产业支柱之一。随着栽培面积及产业领域的不断扩大,对南瓜品质的要求不断提高,而筛选果实发育和品质形成相关的候选基因,是提高南瓜果实品质的有效途径。因此,本研究以印度南瓜(Cucurbita maxima Duch.)自交系Rimu不同发育时期(授粉后0d、10d、20d、30d、40d、50d)的果肉为材料,首先测定不同南瓜发育时期果实营养物质,然后利用RNA-Seq进行转录组测序,系统挖掘果实发育和品质形成的差异表达基因,为南瓜品质精准育种及重要候选基因的挖掘提供有效依据,也为南瓜的品质代谢调控机制研究奠定理论基础。主要研究结果如下:1、南瓜不同发育时期果实营养物质的测定对印度南瓜果实在授粉后的不同时期的总蛋白、淀粉和可溶性糖含量分别进行测定。结果显示,在南瓜果实发育的6个不同时期,果实营养物质含量随着果实的发育而不断的发生变化。通过试验结果,初步获得南瓜果实总蛋白、淀粉及可溶性糖含量在不同发育时期的变化规律。总蛋白含量的变化为先减后增,淀粉含量的变化规律为“慢、快、慢、快”的趋势,可溶性糖的变化规律为果实授粉后持续增长达到峰值后下降。2、南瓜果实转录组测序及果实发育差异表达基因分析利用RNA-Seq技术,对不同发育时期的南瓜果实进行高通量转录组测序,经过测序质量控制,18个样品共得到298.09 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到16.06 Gb,Q30碱基百分比在93.57%及以上。分别将各样品的Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从88.92%到95.52%不等。基于比对结果,进行基因表达量分析,根据基因在不同样品中的表达量,识别差异表达基因15,307个,并对其进行功能注释和富集分析。其中,有944个基因在大于等于10组比较中均差异表达。结合基因功能注释、GO和KEGG分析,最终筛选出47个与糖和淀粉合成代谢相关的显著差异表达酶基因作为候选基因。3、候选基因的qRT-PCR验证和共表达分析利用实时荧光定量PCR对47个候选基因的表达模式进行了验证,验证结果表明荧光定量PCR结果的表达趋势与测序结果大致相同,验证了转录组测序数据的可靠性。利用47个候选基因的表达数据进行共表达分析,共发现49对基因之间的互作,为淀粉和糖代谢合成通路基因之间的互作研究提供了间接证据。