基本药物制度的目的在于通过卫生部、财政部、国家发展和改革委员会等多部门的监管力量与执法资源形成药品安全监管的合力,以实现更有力的药品安全控制。然而,目前基本药物制度实施的状况并不理想,这从一系列药品安全事件中可以体现出来。笔者认为我国基本药物制度的困境主要体现在：药企、医院、药店、消费者等相关主体对基本药物制度认知度低,基本药物生产使用积极性不高,基本药物全品种监管成本过高等。由此可见,基本药物制度在现实中并没有完全按照制度设计者的意愿运行,药品安全监管形势依然严峻。如何完善基本药物制度以保证药品安全?对于这个问题,本文运用管制经济学的相关理论,探究我国基本药物制度陷入困境的原因,从市场调节与政府监管相结合的角度提出相关对策。维护药品安全,既要考虑药品市场中各方利益的博弈,又要注重对药品生产效率和使用的公平性的平衡。笔者认为充分将市场的作用与政府的主导作用相结合是解决药品安全问题的根本思路,也是保证药品生产与使用安全的关键所在。一方面在我国市场竞争体制下,企业应进一步加强基本药物质量管理,加强自律,生产安全药品；另一方面政府应不断完善基本药物的制度基础,并建设药物信息系统,加大制度宣传力度,保障药品使用安全,最终达到药品市场全品种安全的目标。