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采用分离与分析相结合的技术研究了传统中药阿胶中各种组份的含量，考察了阿胶生产过程中各组份的变化规律，建立了基于液相色谱质谱联用技术的胶原蛋白类型识别方法和明胶动物来源分析方法，并用于胶类药物的成份分析和质量控制，主要内容如下：
1.利用多肽序列标签技术研究了阿胶中的主要多肽来源，结果表明阿胶中的主要多肽来源于驴真皮中的I、III和V型胶原蛋白，同时存在细胞间质蛋白、细胞骨架蛋白、膜蛋白以及部分生物酶的降解物。阿胶中检测出的总多糖含量为9.33％(w/w)，阿胶中粘多糖含量约为3.1％(w/w)。比较了测定阿胶溶液中多肽分子量方法的差异，结果表明凝胶过滤色谱，多角度激光散射联用技术是一种准确测定胶类药物分子量范围的有效方法。
2.研究了阿胶生产过程中蛋白质降解物的动态变化规律。在阿胶生产工艺中多肽浓度逐渐升高、平均分子量逐渐降低、胶原蛋白降解物所占比例逐渐升高，其中常压浓缩过程是影响阿胶原料中蛋白质降解物分子量的关键。在该单元操作中甘氨酸含量逐渐升高，许多非胶原蛋白降解物以泡沫的形式被去除，胶原蛋白降解物的相对含量逐渐上升，非胶原类多肽的相对含量逐渐降低，总糖量在阿胶生产过程中逐渐降低，常压浓缩过程是影响阿胶生产过程和产品组成的关键单元操作。
3.研究了胶原蛋白在一定缓冲溶液中的变性条件和变性胶原蛋白的降解条件，建立了根据特征多肽进行胶原蛋白类型识别的方法，结果表明胶原蛋白变性，酶解-质谱法特征多肽分析是进行胶原蛋白类型识别的有效方法。利用该方法研究了大鼠皮肤中不同类型胶原蛋白的动态变化，证明了基于生物质谱技术通过检测酶解产物中的特征多肽进行胶原蛋白定性和定量分析方法有效性。
4.利用多肽序列标签技术比较了不同动物的I型胶原蛋白酶解产物中多肽序列信息，建立了根据特征肽段进行明胶动物来源分析的方法。实验了利用液质联用技术验证了识别牛明胶和猪明胶的可行性，结果表明两种明胶酶解产物中存在特征多肽，这些多肽可以用于牛明胶和猪明胶的动物来源分析。利用多肽序列标签技术研究了驴I型胶原蛋白的氨基酸序列并识别出特征多肽，识别出阿胶经酶解处理后的特征离子和特征多肽，根据特征离子或特征多肽可追溯样品胶的胶原蛋白质来源和动物来源，结果表明酶解-质谱分析是一种鉴别明胶及基于明胶的生物制品动物来源的有效方法。