新型农村合作医疗制度是我国医疗卫生体制改革的重要组成部分,是政府为防止农民因病致贫、因病返贫,并不断增强其抵御大病风险能力,保护农民身体健康以及实现“全民医保”的重大举措,从2003年试点以来业已取得了巨大的成就。随着内蒙古经济和社会的不断发展,尤其是中央政府对中西部地区的财政扶持和政策倾斜,内蒙古顺应趋势,抓住机遇,基于本地的客观实际积极探索有益经验,全面展开新型农村合作医疗制度的推进工作,目前已基本实现了农村牧区的全覆盖,但在实际运行过程中尚存有一些问题,诸如新农合财政配套资金不足,筹资手段原始、筹资渠道单一、行政成本偏高、工作效率低下,保障能力较弱,监管缺位,医疗服务质量欠佳等等,已严重影响到制度的稳定运行和可持续发展。为进一步完善内蒙古新型农村合作医疗制度,研究制度的筹资机制、补偿机制和监管机制及其相互间的合作与互动关系就显得十分必要。本文试图针对内蒙古新农合运行机制中出现的问题和原因进行分析研究,并提出相应的完善对策。在全文的行文结构中,笔者首先对新农合运行机制的重要概念予以界定,并厘清其相关基础理论;其次,对内蒙古新农合制度的运行情况进行了现状描述,然后详细剖析了新农合运行机制中存在的问题,并深入挖掘制度执行中出现偏差的原因;最后,基于以上分析并结合内蒙古民族地域性的特殊区情,提出了完善内蒙古新农合运行机制的相关对策和建议。