充分利用各种分子标记技术对菊花品种进行鉴定，是菊花种质资源保存和育种的基础。DNA甲基化是一种重要的DNA修饰方式，在基因的表达调控中起着重要的作用。植物生长过程中CCGG位点常会发生5-mC的变化，进而调控基因的表达。因此，本研究采用AFLP和MSAP两种DNA分子标记技术，对中国开封地区12个菊花品种，进行了遗传与表观遗传多样性的分析，并对这两种分子标记技术进行了比较。同时，取菊花盛花期叶片、脚芽、舌状花三个部位DNA进行了CCGG位点甲基化检测。主要研究结果如下：利用AFLP分子标记，对12个菊花品种的遗传多样性进行分析，6对引物组合总共获得306条谱带(位点)，平均每对引物51条。每对引物的多态性谱带百分率从53.7%到77.2%。6对引物共发现多态性位点208个，占总谱带的67.9%，证明AFLP应用于菊花品种鉴定，多态性较高，不同菊花品种DNA序列差异较大。利用MSAP标记分析菊花DNA，结果显示不同菊花品种总甲基化程度差异不大，在20.1%~26.1%之间。DNA全甲基化比例范围在7.7%~13.7%。而且不同组织部位甲基化变异模式具有品种特异性。16对引物中4对引物多态性较高，可以区分不同菊花品种。与AFLP相比MSAP多态性较低但相差不大，说明其可以用于菊花品种的鉴定，MSAP技术更适合基因组序列相似但是表型不同或者同一品种不同部位DNA甲基化信息的鉴定。对于菊花不同部位MSAP检测发现，这些甲基化状态的变化表现为三种类型：A型，去甲基化；B型，DNA重头甲基化；C型，不规则变化。从脚芽到舌状花，DNA发生甲基化的数目变化相对较少，去甲基化的数目相对较多，最终导致基因组的去甲基化程度不断增加。总体上讲，DNA甲基化和全甲基化百分比，在脚芽中最高，盛花期叶片和舌状花中都会下降。菊花可能通过甲基化和去甲基化的方式调控基因的表达，并最终决定植株的生长发育和器官分化。