我国是一个农业大国,自古以来我国政府始终把农业放在一个重要位置,我国将大量的科研研究经费投入农业科研,用来促进我国农业的科研技术发展,但是目前的农业科研项目经费无法满足我国快速发展的农业科研工作。农业科研项目资金的缺乏只是其中需要解决的问题之一,还有更加重要的问题是农业科研项目资金的使用效率问题,最大化的发挥农业科研经费的效益和效用才是急需解决的问题。本文通过分析新疆农业科学院农业科研项目经费管理的现状,了解当前新疆农科院农业科研项目经费管理的流程和办法,运用访谈法和问卷调查法对新疆农科院的科研项目执行人员、科研项目管理人员和财务管理人员等不同工作岗位的科研人员进行调研,意在从不同角度分析研究新疆农科院农业科研项目经费管理中存在的问题。由理论结合实际,并对调查问卷的结果进行数理分析,从调查结果中归纳出新疆农科院农业科研项目经费管理存在多个方面的问题,包括科研项目经费管理办法的问题、预算编制的问题、科研经费管理流程的问题、监督机制问题和绩效评价机制问题等。针对新疆农科院农业科研项目经费管理出现的问题,提出相应建对策与建议,为今后新疆农科院农业科研项目经费管理办法的政策选择提供一定的参考性,促进新疆农科院农业科研工作的发展。