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用电击法将带有CAO基因片段的Psp109-E8质粒转入到莱茵衣藻cbnl-48mt+堪因突变株中后，转化子中出现了叶绿素b的恢复性表达，初步验证了丧失合成叶绿素b能力的cbnl和cao突变基因具有等位性的属性；将1641-1b(cbnl-43mt+)和CC-1354(cbnl-48-mt+)突变株分别与cao5 mt突变株的分离子CBS5-cl和CBS5-c5进行杂交，并通过随机分析方法分离获得1842个减数分裂后代分离子，经检测其中均没有发现有野生性表型的分离子，初步证明cbnl和cao突变基因间有着非常紧密的连锁性；从上述杂交系分离获得的50多个四分子中也没有检测发现显示野生性表型的分离子，其进一步证明了cbnl和cao突变基因具有等位性的属性；根据CAO基因的DNA序列，从5’-端和3’-端设计两个探针，分别与莱茵衣藻核基因组Ⅰ号染色体上GBP1和RB47分子标记之间的21个BAC克隆进行的点杂交实验结果显示，该两个探针序列与21号BAC克隆(莱茵衣藻BAC文库序列号33e2)片段均有同源区的特性，此项DNA杂交实验初步证明，CAO基因的位点是在cbnl突变基因左右两侧的GBP1和RB47两个分子标记之间33e2BAC克隆片段区。利用RT—PCR方法分别扩增得到CAO基因和cbnl基因的序列并通过序列对比发现两个基因的序列相同，此结果进一步确认CAO基因和CBN1基因是同一个基因。
本研究确定Cao突变基因和cbnl突变基因具有等位基因的属性，CAO基因作为唯一主基因在莱茵衣藻的叶绿素b生物合成中控制从叶绿素酸酯a到叶绿素酸酯b的途径，CAO基因的确切位点是在cbnJ基因左右两侧的GBP1和RB47两个分子标记之间的33e2 BAC克隆片段区。