资金（或资本）对于区域经济增长和社会发展都有着不可替代的贡献，其空间分布状态也对区域发展格局产生着重要影响，合理的资金空间分布格局有助于缩小区域发展差距，反之则会使区域发展不平衡状况更为恶化。不同类型资金都具有比较独特的空间分布特征和规律，由市场机制驱动的市场性资金和由政府宏观调控分配的政府性资金在空间分布格局上有着显著的差异，在不同类型的地域空间上体现出不同的配比关系。本文结合主体功能区规划中对于地域空间的划分结论，将全局分析和案例区分析相结合，重点探讨了两种类型资金在不同类型主体功能类型区的配比关系上的差异及差异形成原因，为推进形成主体功能区战略的政策制定提供一定的科学依据。　　研究的主要结论为:　　(1)区域资金可以划分为市场性资金与政府性资金两种类型，两种资金的空间配置主要驱动因素不同，因此，不同类型主体功能区对两种类型资金的吸引能力存在差异。从理论分析的角度，市场性资金的空间配置更追求“效率”，而政府性资金的空间配置更追求“公平”，因此由于当前区域经济发展水平和潜力的不同，单纯在市场机制的驱动下，优化开发区比重点开发区拥有更高的资金吸引力，开发类地区比保护类地区拥有更高的资金吸引力。但是基于对于区域可持续发展具有重大意义的区域主体功能目标实现的要求，优化开发区需要也必须进行产业结构升级，限制类地区需要也必须保障粮食安全和生态安全，这都需要充足的资金供给作为必要的保障，因此由于产业升级不确定性造成的资金外流和由于本身不具备高额经济效益的农业产品和生态产品生产先天的资金排斥力而产生的各地区实现主体功能的资金供需缺口，就需要政府进行直接投资来弥补。　　(2)理论分析得出结论是，重点开发区资金来源结构中市场性资金占比高于优化开发区高于农产品主产区高于生态功能区，但是，对于全国尺度和辽宁沿海经济带案例区尺度不同类型主体功能区县域资金结构分布格局时空演化分析的结果表明，在主体功能区战略已经提出的“十一五”时期，优化开发区的市场性资金占比依然最高，重点开发区次之，而生态功能区最低，且保护类地区资金结构中仍以市场性资金作为主导（超过50％），该结论与理论部分略有不同。分别引入DEA模型、计量经济模型等方法测度不同类型主体功能区的影响因素作用，发现政府性资金同市场性资金一样具有趋利性特征，并且市场性资金的影响因素对政府性资金资金空间分布格局的影响也很显著。　　(3)优化开发区较重点开发区的资金吸引优势来自于两个方面。一方面是已经发育完善产业集群为企业提供丰富的前后向产业的产品市场。另一方面是发达的高端生产性服务业和高端生活服务业形成了企业发展所需的资金和人才的洼地。而较重点开发区，优化开发区的劣势是有限的资源环境承载能力难以继续承受大量的人口产业集聚，表现为日益频发的环境污染问题，但是鉴于环境污染问题的外部性特征，企业不会自发的淘汰落后产能，因此需要政府人为手段促进产业升级。对辽宁沿海经济带的研究表明，造成其市场性资金持续增加的主要原因是当地并没有由于自然环境遭受破坏而大力调整产业结构，因此整个经济带依然呈现资金分布的极化趋势。　　(5)政府性资金的资金来源有两个，地方税费收入与中央财政转移支付，对于全国大部分区域而言，来自地方税费收入的资金远大于来自中央财政转移支付的资金，是政府性资金的主体，而依赖“土地开发”的土地财政是地方税费收入的主体，土地财政也是造成保护类地区和开发类地区政府性资金差距的主要原因。同时由于土地开发带来的基础设施建设又会拉动大量市场性资金的增加，因而土地开发越活跃的地区，市场性资金和政府性资金分布越丰富。由于保护类地区被限制了土地开发，因此成为资金分布的相对贫瘠地区。现有的中央财政转移支付手段难以弥补由于保护类地区丧失发展权力而造成的损失，因此需要通过更为有效的市场化手段给予其提供的生态产品较为合理价格。　　(6)不同的资金来源结构势必对不同类型的主体功能区会产生不同性质和程度的影响。问题的焦点主要集中在优化开发区域和限制开发区域。市场性资金聚集所形成的产业“粘性”和政府性资金聚集所形成的福利“粘性”，不利于优化开发区功能和人口的疏解，也不利于其合理地控制开发强度。对于限制开发区域，矛盾的焦点在于保护与开发之间的矛盾关系，表现为政府政绩追求和环境保护无利可图之间的矛盾、物质生活需求与限制开发之间的矛盾和巨大的代价与微薄的补偿之间的矛盾。单纯的市场力量无法解决这些矛盾。因此，推进实施主体功能区规划，确保各地区严格按照地域主体功能发展，还需通过政府手段对各类型区资金结构进行直接或者间接的调整，加大对于优化开发区和限制类地区的政府性资金投入力度，并不断探索新的市场化的产业升级资金来源方式和生态补偿方式。