目的：本实验针对临床怀疑结核性肛瘘的患者行手术切除的瘘管，分别使用病理及荧光PCR检查及抗酸染色检查，探讨结核杆菌DNA PCR检查在结核性肛瘘诊疗中的应用，即针对临床怀疑结核性肛瘘的患者，荧光PCR不但可以对病理确诊的患者起辅助诊断，而且对病理怀疑及病理上不能诊断的患者可以辅助诊断，提高结核性肛瘘检出率，防止漏诊。方法：本实验以临床怀疑结核性肛瘘的患者行手术切除的60例瘘管，临床怀疑结核患者分为三组，病理明确诊断20例，病理怀疑结核20例，病理为炎性瘘管组织，不考虑结核性肛瘘诊断的20例。标本来源于2009.1～2013.6年遵义医学院病理科临床怀疑结核性肛瘘瘘管组织，全部瘘管为石蜡包埋。病理明确诊断组其中男10例，女10例，病理表现可见结核性肉芽肿及结核结节，平均年龄(45．23±5．61)岁。病理怀疑结核组其中男8例，女12例，平均年龄(40．03±4．23)岁，病理表现可见少量坏死,未见明确的结核性肉芽肿及结核结节。病理未发现异常组其中男12例，女8例，平均年龄(47．21±3．21)岁，病理表现可见炎性反应。针对其石蜡包埋的瘘管组织提取DNA，采用荧光PCR的方法分别检测结核分枝杆菌保守的重复序列IS6110的片段。结果：1.病理明确诊断20例，荧光PCR检测阳性19例，阴性1例，抗酸染色检测阳性12例，阴性8例。病理与荧光PCR比较，荧光PCR出现1例假阴性，两种方法明显差异（P<0.05）,病理与抗酸染色比较，符合12例，两种方法无明显差异（P>0.05）。荧光PCR与抗酸染色比较，荧光检测率明显高于抗酸染色，说明荧光PCR灵敏度高于抗酸染色，两种方法明显差异（P<0.05）。2.病理怀疑结核20例，病理怀疑组通过抗结核治疗伤口愈合，无复发。荧光PCR检测阳性19例，阴性1例，抗酸染色检测阳性0例，阴性20例。病理与荧光PCR比较，荧光PCR确诊19例，假阴性1例，荧光PCR可以有力辅助诊断病理可疑的诊断，两种方法明显差异（P<0.05）。病理与抗酸染色比较，符合0例，两种方法无明显差异（P>0.05），荧光PCR与抗酸染色比较，荧光检测率明显高于抗酸染色，说明荧光PCR灵敏度高于抗酸染色，两种方法明显差异（P<0.05）。3.病理未发现异常的20例，荧光PCR检测阳性8例，阴性12例，抗酸染色检测阳性0例，阴性20例。病理与荧光PCR比较，检测出8例阳性，电话随访可知患者行抗结核治疗后伤口愈合，可见荧光PCR可以有效防止漏诊，提高结核性肛瘘的检测率，但两种方法明显差异（P<0.05）。病理与抗酸染色比较，抗酸染色阳性0例，两种方法无明显差异（P>0.05），荧光PCR与抗酸染色比较，荧光检测率明显高于抗酸染色，说明荧光PCR灵敏度高于抗酸染色，但两种方法明显差异（P<0.05）。结论：1.荧光PCR可以对已病理确诊结核性肛瘘的患者，辅助其结核性肛瘘的诊断。荧光PCR尤其可以对病理怀疑及病理不考虑结核性肛瘘的患者，行辅助结核性肛瘘的诊断,提高结核性肛瘘检测率,防止漏诊。2..荧光PCR的敏感性优于抗酸染色，可以作为结核病与非结核病的鉴别诊断，尤其对于那些常规HE染色和抗酸染色无法确诊的病例更有意义。