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根据2004—2011年长江口近海鱼类资源调查数据，探讨2004-2007、2009-2010、2011年三个时间段长江口鱼类群落的结构特征，运用群落生态学分析方法量化鱼类群聚结构与环境因子的关系，通过与长江口八十年代及1998—2002年历史资料对比分析，探讨三峡工程蓄水前后长江口鱼类群落的变异特征，解析长江口鱼类群聚结构对河口来水来沙变化的响应机制。2004年和2007年春季航次共捕获鱼类生物9目25科36种，其中带鱼(Trichiuruslepturus)、黄鲫(Setipinna taty)、鳀(Engraulis japonicus)、竹荚鱼(Trachurus japonicus)、小黄鱼(Larimichthys polyactis)和鲐(Scomber japonicus)为优势种。2004—2007长江口近海鱼类存在4个生物群聚：以鲐(Scomber japonicus)为特征种的南部高温型、以带鱼(Trichiurus lepturus)为优势种的南部低温型、以竹荚鱼(Trachurus japonicus)为代表的北部高温型和以黄鲫(Setipinna taty)占绝对优势的北部低温型。影响2004—2007长江口海域鱼类分布的主要环境因子为水深、底层总磷、表层悬浮体含量、底层盐度和表层温度。其中，水深、盐度和悬浮体含量驱动鱼类群聚空间变异，温度驱动了时间变异。与1999—2001年相比较，2004—2007年长江口鱼类群落变异显著，鱼类资源种类数量和生物量减少，优势种亦发生演替；水深、盐度、温度变异对鱼类群聚分布保持影响力，水域悬浮体含量成为鱼类群聚空间变异重要驱动因素。2009年和2010年春季共捕获鱼类12目30科42种，主要优势种是小黄鱼(Larimichthyspolyactis)、小眼绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)、龙头鱼(Harpadon nehereus)、黄鲫(Setipinnataty)和银鲳(Pampus argenteus)。2009年与2010年长江入海径流和泥沙变化带来的河口环境响应，驱动了河口近海鱼类群聚结构变异。2009年春季受底层盐度、表层总磷和叶绿素梯度限制，长江口鱼类群落形成4个群聚类型：(1)以小眼绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)和刀鲚(Coilia nasus)为指示种，河口种类聚居的近岸水域；(2)以小黄鱼(Larimichthys polyactis)为指示种，底层鱼类集中分布的外海水域；(3)以单指虎鲉(Minous monodactylus)和竹筴鱼(Trachurus japonicus)为指示种，上层鱼类栖息的中部水域，初级生产力水平最高；(4)鳀(Engraulis japonicus)分布区，表层盐度最高中部偏南水域。2010年入海径流和泥沙量的增加，河口鱼类群聚从营养和盐度限制转为悬浮体含量空间限制，形成3个群聚单元：(1)以黄鲫(Setipinna taty)和粗蜂鲉(Vespicula trachinoides)为指示种，盐度最低悬浮体含量最高的北部近岸区，河口鱼类聚居地；(2)以银鲳(Pampus argenteus)和黄鮟鱇(Lophius litulon)为指示种，盐度较高、表层悬浮体含量较高的北部远岸区，上层鱼类栖息场所；(3)以龙头鱼(Harpadon nehereus)和小黄鱼(Larimichthys polyactis)为指示种，水深、盐度和初级生产力都最高的南部水域，底层鱼类和游泳鱼类主要分布区。2011年春季航次共捕获鱼类9目25科36种，优势种是凤鲚(Coilia mystus)和小黄鱼(Larimichthys polyactis)。群落分布主要受表层盐度和底层温度影响，形成3个群聚分区：(1)以凤鲚(Coilia mystus)为指示种，水温和盐度最低，悬浮体和营养盐含量较高的的近岸区；(2)以粗蜂鲉(Vespicula trachinoides)为指示种，中等盐度、温度，pH和底层化学耗氧量较高的北部远岸区；(3)以鳀(Engraulis japonicus)和带鱼(Trichiurus lepturus)为指示种，水温和盐度较高的南部远岸区。2011年秋季共捕获鱼类9目29科43种，优势种是带鱼(Trichiuruslepturus)、龙头鱼(Harpadon nehereus)、小黄鱼(Larimichthys polyactis)、银鲳(Pampusargenteus)和黄鲫(Setipinna taty)。主要受水深、底层总磷和底层温度影响，形成三个群聚分区。三个群聚分区分别是：(1)以龙头鱼(Harpadon nehereus)为指示种，水深最浅，盐度较低，营养盐和悬浮体含量较高的北部近岸区；(2)以带鱼(Trichiurus lepturus)为指示种，中等水深、盐度，较高pH和底层化学耗氧量的中部近海区；(3)以小黄鱼(Larimichthys polyactis)为指示种，水深和盐度都最高的南部近海区。与八十年代和21世纪初相比，2011年鱼类群落发生显著变异，主要表现为鱼类种类数量减少、优势种明显更替、资源量显著下降，尤其以秋季长江口鱼类群落变化更为剧烈。长江口环境发生显著变化，并影响长江口鱼类群落时空变异。春季，1986、2001和2011年间鱼类群落差异显著，底层悬浮体、底层溶解氧和底层pH是影响鱼类群落变化的主要环境因子，其中底层悬浮体和底层溶解氧共同驱动了时间变异，底层pH与底层温度共同驱动了空间变异。秋季，水温、底层悬浮体和叶绿素a是影响1985、2000和2011年鱼类群落变异的主要环境因子。