一种可减少RT-PCR假阴性结果的植物病毒检测技术研究

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为研发一种可减少RT-PCR假阴性结果的植物病毒检测方法,参考已报告的植物内参引物和病毒引物,从而合成植物内参引物和病毒引物。将植物内参引物和病毒引物放入同一个反应中进行双重RT-PCR扩增,对反应体系进行优化,并进行应用检测。甘蔗条纹花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)最适引物终浓度为0.8μmol/L,甘蔗内参最适引物终浓度为0.2μmol/L,在54℃退火温度条件下,循环数为30次最为合适。灵敏度检测显示,甘蔗c DNA稀释到原液c DNA浓度的10-6时,仍能扩增出SCSMV和内参基因目的条带。特异性结果显示,只有甘蔗能检测到内参基因和甘蔗条纹花叶病毒扩增出的目的条带。对40份甘蔗叶片样品进行了检测,发现有25份样品感染SCSMV。甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)最适引物终浓度为0.8μmol/L,甘薯内参最适引物终浓度为0.2μmol/L,在54℃退火温度条件下,循环数为30次最为合适。灵敏度检测显示,甘薯c DNA稀释到原液c DNA浓度的10-6时,仍能扩增出SPFMV和内参基因目的条带。特异性结果显示,只有甘薯能检测到内参基因和甘薯羽状斑驳病毒扩增出的目的条带。对40份甘薯叶片样品进行了检测,发现有20份样品感染SPFMV。番木瓜环斑病毒(Papaya ring spot virus,PRSV)最适引物终浓度为0.6μmol/L,番木瓜内参最适引物终浓度为0.4μmol/L,在54℃退火温度条件下,循环数为30次最为合适。灵敏度检测显示,番木瓜c DNA稀释到原液c DNA浓度的10-6时,仍能扩增出PRSV和内参基因目的条带。特异性结果显示,只有番木瓜能检测到内参基因和番木瓜环斑病毒扩增出的目的条带。对40份番木瓜样品进行了检测,发现有21份样品感染番木瓜环斑病毒。槟榔坏死环斑病毒(Areca palm necrotic ringspot virus,ANRSV)最适引物终浓度为0.4μmol/L,槟榔内参最适引物终浓度为0.6μmol/L,在54℃退火温度条件下,循环数为30次最为合适。灵敏度检测显示,槟榔c DNA浓度稀释到原液c DNA浓度的10-6时,仍能扩增出ANRSV和内参基因目的条带。特异性结果显示,只有槟榔能检测到内参基因和槟榔坏死环斑病毒扩增出的目的条带。对40份槟榔样品进行了检测,发现有18份样品感染ANRSV。本研究结果可为降低植物病毒RT-PCR假阴性提供理论基础。
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