畜禽资源是生物多样性的重要组成部分,是长期进化形成的宝贵资源,是畜牧业可持续发展的基础和保障。对猪种质资源的进化、遗传背景和亲缘关系全面清楚的认识,是对地方猪种保护和利用的重要前提。鉴于此,本研究利用高密度SNP芯片对17个华南地方猪种(类群)的遗传多样性、群体遗传结构、连锁不平衡和有效群体大小进行分析。研究结果如下:1)遗传多样性分析结果表明大花白猪、陆川猪、闽北花猪、官庄花猪的遗传多样性较低,需要加强保护,其他地方猪种具有较高的遗传多样性。2)基于个体间遗传距离以及品种间遗传距离进行进化分析,结果表明华南地方猪种之间遗传距离较近,聚类结果与品种的地理分布格局基本一致。华南地方猪种与西方猪种的遗传距离较远,但保山猪、隆林猪、梅花猪、粤东黑猪和莆田黑猪五个猪种与西方猪种的遗传距离较近。3)主成分分析和STRUCTURE群体混杂分析结果表明,华南地方猪种与西方猪种具有不同的遗传背景,华南地方猪种与西方猪种具一部分共有的血缘。保山猪、隆林猪、梅花猪、粤东黑猪和莆田黑猪含有较高比例的西方商业猪种血缘,这五个猪种可能与西方商业猪种杂交过。梅花猪与大花白猪遗传距离较远,遗传背景不同,应划分为两个品种。高黎贡山猪与保山猪遗传距离较近,血缘组成相似,可以合并为一个品种。4)华南地方猪种短距离SNP标记间的连锁不平衡程度普遍低于西方商业猪种,但远距离SNP标记间的连锁不平衡程度却普遍高于西方商业猪种,连锁不平衡可以延续到较远的距离,反映了中国地方猪种的种群数量较小。有效群体大小分析显示中国地方猪种的有效群体大小呈现快速下降的趋势,地方猪种亟待扩大群体,以有利于种群保护。