本论文针对日前多营养层次养殖池塘微生物作用研究的热点问题，将微生物分子生态学PCR-DGGE技术引入到我国北方海水多营养层次养殖池塘微生物生态学的研究中，优化了提取养殖池塘底泥基因组DNA及变性梯度凝胶电泳的条件，同时运用平板计数法对三个不同养殖模式的对虾养殖池塘沉积物的细菌数量及细菌群落多样性随养殖周期的动态变化进行了研究，分析了细菌多样性在时间和空间上的变化规律，为养殖区生态平衡的维持提供依据。同时对池塘沉积物DGGE图谱的显著条带进行克隆测序，获得养殖池塘优势微生物的基因信息，为从原生环境分离筛选有益功能微生物奠定了基础。运用统计学方法，将海水多营养层次养殖池塘沉积物细菌数量和菌群结构与环境因子的相互作用关系进行了初步探讨，为预测养殖环境微生物结构的变化提供参考。主要研究结果如下：1.PCR-DGGE检测条件的优化从环境样品DNA提取方法和PCR扩增条件等方面，探讨了DGGE图谱的优化条件，优化结果如下：确定了CTAB的提取DNA方法，可以得到高产率、完整清晰的主带。以此DNA为模板，引物GC-F341/R534的降落PCR反应条件进行扩增。变性梯度凝胶电泳最优变性剂浓度梯度范围为45%-55%，电压为60v，电泳时间10h，采用银染染色方法，优化后的条件能得到最佳分辨率的DGGE图谱，条带分辨清晰。2.多营养层次养殖池塘沉积物细菌群落的结构变化通过对不同养殖模式池塘底泥的DGGE分析，运用凝胶分析软件分析了DGGE电泳图谱，结果如下：（1）三个养殖池塘共计27个样品中，样品条带数丰富，总共发现46条不同位置的DGGE条带。每个样品的条带数在14-33条之间，条带的含量在不同养殖时期有大幅度的变化，条带的分布模式也有较大差异。比较三个池塘的样品，结果显示不同样品条带数稳定，平均45%为特异性条带，55%的条带在各样品中普遍存在。这说明不同养殖模式池塘的底泥中含有一部分相同的菌群结构，也存在各自的特异性菌群，海水多营养层次养殖池塘中细菌种类繁多，随养殖时间的推移菌群含量和结构上都有很大变化，不同样品间存在差异。（2）对各养殖时期的DGGE图谱做了聚类分析，UPGMA分析图反映了微生物群落结构随养殖周期发生规律性变化。通过计算Shannon-Wiener多样性指数反映不同样品的菌群多样性随时空变化的规律。本研究中所得的Shannon-Wiener指数处于较高水平，这说明多营养层次养殖池塘沉积物样品多样性非常高。从空间上看相比较其它两个养殖池塘虾蟹贝混养的Shannon-Wiener指数较高且变化幅度不大，说明虾蟹贝混养模式的微生物群落多样性高且群落稳定性高。从时间上看，在养殖中期各养殖池塘的微生物群落多样性最高。（3）通过结合测序结果及系统发育分析表明，海水多营养层次池塘沉积物所得的细菌主要分为8个类群，包括厚壁菌门、变性菌门（有α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲、ε-变形菌纲和δ-变形菌纲）、拟杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、蓝细菌、绿菌门、酸杆菌门。以上微生物种群大部分是在空间和时间上分布均匀的群落，也有不同营养层次养殖池塘独有的细菌种群：放线菌门、绿弯菌门是虾蟹贝养殖池塘的独有优势种群，均在养殖中期出现并占据优势；厚壁菌门是虾蟹养殖池塘的独有菌群，但仅在养殖中期出现，绿菌门仅在虾蟹养殖后期出现过；酸杆菌门是对虾单养池塘的独有菌群，在养殖前期出现后逐渐衰退消失。蓝细菌在虾蟹和虾蟹贝养殖池塘后期均有发现。3.养殖池塘细菌变动与理化因子相关性分析通过对养殖周期内理化指标和细菌数量的动态监测，结果表明养殖过程中各理化因子变化范围均在养殖对虾的耐受范围之内。不同养殖池塘底泥中异养菌总数和弧菌总数随养殖时间的增加而发生变化，其中弧菌数量的波动较异养菌总数要大，这可能是由于底泥中弧菌数量对理化因子的波动更为敏感。相关性分析表明，养殖池塘的底泥细菌总数与有机质的含量呈正相关，水体氮营养盐含量、温度均影响底泥细菌数量的变动，而弧菌的数量与各理化指标的变动无显著性关联。对微生物群落的变动与养殖环境理化因子做了典型性对应分析，由结果可知本研究中检测的理化包涵了与微生物群落相关的52.6%的环境因素信息，分析表明，MC、COD、NH3-N和OM对菌群的影响比其它三种理化因子更显著。