开发区在全球经济格局中的地位日益突出，它正在成为世界经济发展的主流形态，开发区为我国的经济发展起了重要的推动作用。中国开发区经过20多年的发展，已经成为城市经济发展的集聚地和增长极。在新的发展形势的客观要求和开发区自身发展客观规律下，当前开发区要升级转型。 本文重点考察了在创新型国家战略决策的环境下，在相关理论研究的基础上，对南京开发区进行实证分析研究，对南京创新型开发区的转型战略提出建议。文章首先提出了本课题研究的背景和研究的意义。然后从理论分析入手，综述了国内外研究动态和开发区理论基础，分析了国际、中国开发区的发展历程。其后分析了南京开发区的现状和发展历程，并对南京开发区的发展优势和劣势进行了实证分析综述。运用C-D生产函数实证分析了南京开发区的经济增长质量为粗放型增长方式，提出创新型开发区经济增长方式必须要从粗放型增长转变为集约型，并且提出创新型开发区的七大任务和四大目标。开发区要在增长方式、资源配置、产业结构、环境建设、发展动力、考核指标、竞争优势七个方面进行转变；要以建成创新型、集约型、和谐型、绩效型四型开发区为目标。文章最后，对南京开发区的转型战略提出可行性建议，为今后南京开发区制定有效的发展对策提供参考。