基础研究和技术创新是一种重要的战略性技术,探究基础研究与技术创新间的互动关系,是当前中国科技发展、产业优化过程中亟待解决的重要议题。近年来爆发的诸如芯片烂尾等事件均表明我国科技创新能力仍落后于国际先进水平,基础研究没有为产业技术创新的发展提供有力支撑,现有技术又无法刺激基础研究的进一步发展,导致产业技术路线图发生重大转变。而创新生态系统具有自组织性,通过建立创新协同框架可以整合生态系统的规划性和自组织行为。这种协同创新驱动模型是基础研究与技术创新打破尴尬局面、实现从无序到有序自组织演化的必然选择。鉴于此,本文首先梳理阐述了国内外创新生态系统、基础研究、技术创新研究现状以及创新理论、超循环理论、耦合协调度等相关理论,为此次研究提供了深厚的理论基础。其次,根据创新生态系统内不同创新主体对科研理论认知创新实践活动的过程,探究基础研究与技术创新的内涵及特征,从研究投入、研究创新和研究环境三个维度六个指标构建基础研究评价指标体系,从技术开发和技术应用两个维度五个指标构建技术创新评价指标体系。然后,以高科技产业下的20个行业作为实证对象,采用改进的熵权法计算指标权重,避免主观性影响,接着引入耦合协调度模型计算耦合协调度。研究结论如下:（1）从总体情况来看:（1）我国基础研究与技术创新综合发展指数“十三五”规划期间总体呈缓慢上升的趋势,并且基础研究综合发展指数普遍高于技术创新综合发展指数。（2）高科技行业基础研究与技术创新系统之间耦合度呈现高耦合状态。（3）我国基础研究与技术创新系统间的耦合协调度整体呈上升趋势。（2）从行业情况来看,20个高科技行业的基础研究与技术创新耦合协调度存在行业差异,出现分层,呈现“阶梯状”协调格局。（3）从耦合协调情况来看,大部分行业耦合协调度仍未达到高度耦合状态,可将那些处于无序水平的行业分为三类。根据研究结论,针对我国高科技行业耦合协调现状,提出针对性对策建议。为解决我国当前关键核心技术发展瓶颈提供借鉴,以期实现由科技大国向强国的嬗变。