兰科(Orchidaceae)植物是多样性最为丰富的单子叶植物，由于花器官高度特化、药理性次级代谢产物的积累，具有极高的观赏价值和药用价值。但随着资源的过度采集和栖息地的破坏，野生兰科植物种群处于极度濒危状态，所有的野生兰科植物都被纳入《野生动植物濒危物种国际贸易公约》(CITES)的保护范围中。兰科植物物种的准确识别不仅对植物入药的安全利用有重大作用，还在种质资源的保护和利用中必不可少。DNA条形码技术是一种利用生物体内相对较短的一段标准DNA序列以快速、准确、方便有效的方式来鉴别物种。本研究以6个叶绿体基因(matK、rbcL、ndhF、rpoB、rpoC1、ycf1)基于DNA条形码技术为兰科植物的物种鉴别、种质资源的保护和创新利用提供理论依据。本文的主要研究结果如下：
　　1、分析了所研究序列的GC含量、变异位点数。其中单基因中，matK、ndhF、ycf1提供了相对较高的变异位点，在兰科植物中有相对较快的进化速率；组合序列中，matK+ycf1、rbcL+ndhF、rpoC1+ycf1提供了相对较高的变异位点。
　　2、开展了遗传多样性指数计算及核苷酸配对差异分布评估。较高的单倍型多样性及相对较低的核苷酸多样性表明单个及组合基因在兰科植物的种群中存在一定的多态性差异，而多个峰值的核苷酸差异分布显示没有出现群体扩张。
　　3、通过6个单基因序列及15个组合序列的核苷酸替换饱和度分析，发现这些序列均为达到饱和状态适合于系统发育关系的分析。系统发育关系及基于遗传距离分析的结果表明：单个基因中，ndhF、ycf1基因在兰科植物属、种水平上鉴别比较理想；组合序列中，matK+ycf1、ndhF+ycf1在属、种水平上有较理想的鉴别能力，推荐ndhF、ycf1、matK+ycf1、ndhF+ycf1作为兰科植物的候选条形码。
　　4、基于SNP位点利用候选基因获取兰科植物物种特异性条形码，并生成可以迅速被电子设备识别的DNA二维码身份证。
　　通过开展此研究，可以为兰科植物高效的物种鉴定提供重要的基础数据和研究方法，也可为研究者提供标准化、准确性高的兰科植物物种条形码的信息。