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蔷薇珊瑚属是印度—太平洋区系的第二大造礁石珊瑚属,其生态型多,变异大,形态鉴定难度大;依靠于骨骼形态的传统形态学分类易受表型可塑、表型趋同和网状进化等影响,使得该属的种类鉴定受到很大的限制。为进一步明确该属的种间系统进化关系和种阶元的分类,本次实验对海南9种蔷薇珊瑚(指状蔷薇珊瑚Montipora dgitata、脆蔷薇珊瑚Montipora fragilis、未定种蔷薇珊瑚Montiporasp.、截顶蔷薇珊瑚Montipora truncata、横错蔷薇珊瑚Montipora gaimardi、浅窝蔷薇珊瑚Montipora foveolata、平展蔷薇珊瑚Montipora solanderi、叶状蔷薇珊瑚Montipora foliosa和繁锦蔷薇珊瑚Montipora efflorscens),进行一系列的形态学特征和DNA序列(核DNA:Pax-C内含子和ITS;线粒体DNA:CR 和 COI)分析。序列分析显示,Pax-C序列有着丰富的变异位点和适宜的种间遗传距离,适合种间亲缘关系的判断;尽管ITS序列有着丰富的变异位点,但其种内和种间遗传距离无明显差别,只适用于部分种间亲缘关系的判断;线粒体序列保守稳定,序列变异极少,仅能对个别蔷薇珊瑚种进行细化鉴定,不适于种间亲缘关系的判断。系统进化分析显示,核单拷贝序列Pax-C的分子学分类很好地对应了形态学分类,最适于海南蔷薇珊瑚属种阶元的分类和系统进化关系研究;其次为核多拷贝序列ITS;而线粒体序列(CR和COⅠ)更适于属或属阶元以上的系统进化关系和分类研究。不同分子标尺对蔷薇珊瑚群体的系统进化关系研究有不同的地域适用性,Pax-C序列适用于海南蔷薇珊瑚的分类和系统进化;线粒体序列不适于海南蔷薇珊瑚的分类和系统进化研究,却在夏威夷群岛的蔷薇珊瑚的研究则表现出很好的地域适用性。此外,本研究的分子标尺能较好地应用于杂交种的鉴定、姐妹分类群的分辨和表型可变种的确定。结论:Pax-C序列作为分子标尺对海南蔷薇珊瑚属的种阶元鉴定具有一定的可靠性及适用性,它对该属的系统进化研究有着重要的参考价值;对于分子标尺的选择,不论是对本次研究的蔷薇珊瑚属还是其他造礁石珊瑚,应考虑地域适用性。