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蕨麻（Potentilla anserina L.）属蔷薇科（Rosaceae）委陵菜属（Potentilla L.）,多年生草本植物,广泛分布于青藏高原。本研究以蕨麻为研究对象,利用叶绿体DNA（cpDNA）基因间隔区trnL-trnF序列和核基因ITS 18S-26A的测序数据,对蕨麻在青藏高原的30个居群（603714个个体）进行分子谱系地理学研究,揭示遗传变异在居群内和居群间的分布式样,同时结合群体遗传学和系统发生学,分析该物种的遗传结构与历史事件之间的关联,从而揭示物种及物种内不同种群形成现有分布格局的历史原因和演化过程。主要研究结果如下:（1）蕨麻cpDNA trnL-trnF基因间隔区共扩增成功603个个体,对位排列后序列长度为727 bp,包含22个变异位点,变异位点百分率为3.03%,603个个体的总体核苷酸多样性（π）为0.010641。共检测到40种单倍型,16种共享单倍型广泛分布于所有居群中,其余单倍型为居群所特有单倍型。cpDNA trnL-trnF片段分析显示总的遗传多样性和居群内的平均遗传多样性都很高（HT=0.849,HS=0.640）,且全部分布区、QP组、HM组和ST组中也均表现为本组总遗传多样性（HT）大于居群间遗传多样性（HS）;整个分布区居群间遗传分化程度很低(GST=0.246,NST=0.417),并且具有明显的谱系地理学结构(NST>GST,P<0.01);分子变异分析（AMOVA）表明,大部分遗传变异（59.69%）存在于居群内部,居群间分化水平很高(FST=0.40313),QP组、HM组和ST组中的遗传变异也主要来源于居群内部。（2）蕨麻ITS片段共扩增成功714个个体,对位排列后序列长度为565bp,包含59个变异位点,变异位点百分率为10.4%,714个个体的总体核苷酸多样性（π）为0.003584。共检测到128种单倍型,42种共享单倍型广泛分布于所有居群中,其余单倍型为居群所特有单倍型。ITS片段分析显示总的遗传多样性和居群内的平均遗传多样性都很高（HT=0.844,HS=0.763）,且全部分布区、QP组、HM组和ST组中均表现为本组总遗传多样性（HT）大于居群间遗传多样性（HS）;整个分布区居群间遗传分化程度较高(GST=0.096,NST=0.522),并且具有明显的谱系地理学结构(NST>GST,P<0.01);分子变异分析（AMOVA）表明,大部分遗传变异（54.09%）存在于居群内部,居群间分化水平较高(FST=0.45911),QP组、HM组和ST组中的遗传变异也主要来源于居群内部。（3）蕨麻cpDNA trnL-trnF片段及ITS片段的歧点分布及中性检验并不能给出一致的蕨麻居群动态历史的结果,结合单倍型Network星状关系及生态位模型检测结果,我们认为蕨麻经历了反复的居群缩减与扩张,并且在蕨麻居群缩减过程中经历了强烈的瓶颈效应和奠基者效应。（4）生态位模型检测的预测分布区可以推断,从末次最大间冰期、末次盛冰期以及全新世中期三个时期的预测分布区可以推测,由于不同时期青藏高原气候环境的变化,蕨麻在三个时期中经历了反复的居群缩减和扩张,末次盛冰期蕨麻分布范围急剧向南收缩,全新世中期后重新向青藏高原台面扩张,而当前和全新世中期的分布区没有明显的变化。由此可得出以下结论:（1）本研究区域中蕨麻亲缘关系相近的单倍型发生于同一居群中,存在着明显的谱系地理学关系。（2）由蕨麻歧点分布分析、中性检验、Network网络关系以及古老分布重建结果推断,蕨麻经历了反复的居群缩减与扩张,并且在蕨麻居群缩减过程中经历了强烈的瓶颈效应和奠基者效应。（3）研究认为蕨麻在青藏高原及其毗邻山区可能至少存在三个冰期避难所,即东喜马拉雅区域,青藏高原东南边缘及横断山脉区域,其在青藏高原的分布格局主要是第四纪冰期-间冰期气候动荡、青藏高原隆升的共同作用的结果。（4）对当前、全新世中期、末次盛冰期（LGM）、和末次最大间冰期（LIM）四个时间段的分布重建结果有力支持蕨麻分布范围急剧收缩,全新世中期后重新扩张的推论,居群扩张理论得到验证。